python - python : undefined symbol: sqmI 的问题

Question

我已经在我的 Ubuntu 上安装了这个软件包:pyinteraph.py安装后，我遇到了这个问题:

File "/home/user/Scrivania/PyInteraph-1.0/test/pyinteraph/pyinteraph", line 162, in <module>
 from libinteract import libinteract as li
  File "/home/user/Scrivania/PyInteraph-1.0/test/lib/python/libinteract/libinteract.py", line 8, in <module>
    from innerloops import LoopDistances
ImportError: /home/user/Scrivania/PyInteraph-1.0/test/lib/python/libinteract/innerloops.so: undefined symbol: sqmI

我不知道如何解决

Answer 1

经过一些调整，我能够在我的机器上安装并使其正常工作...这绝对不理想，希望软件包维护者可以更新安装说明。

这就是我所做的:

1. 为您的项目创建一个新目录，mkdir myproj
2. 将目录更改为新目录cd myproj
3. 创建新的virutalenv virtualenv --python=python2.7 venv
4. 激活 virutalenv 源 venv/bin/activate
5. pip install numpy scipy matplotlib networkx weave
6. pip install MDAnalysis==0.7.6
7. 克隆 pyinteraph 存储库:git clone https://github.com/ELELAB/pyinteraph.git
8. cd pyinteraph
9. python setup.py 安装
10. (这就是它变得有点hacky的地方......)因为这个issue对于 scipy，我们需要编辑 MDAnalysis 文件以导入 weave 而不是 scipy.weave。将文件 venv/lib/python2.7/site-packages/MDAnalysis/analysis/distances.py 中的几行更改为:

import numpy
from scipy import sparse
from scipy import weave
from scipy.weave import converters

至

import numpy
from scipy import sparse
#  from scipy import weave
#  from scipy.weave import converters

import weave
from weave import converters

然后要检查它是否正常工作，请打开 python shell 并尝试:

from libinteract import libinteract

如果没有错误，就可以开始了。

编辑:维护者有可用的 py3 版本 here