python - 使用biopython将字典写入文件

Question

我是biopython的新手...我正在尝试使用biopython将字典写入文件。这是我的代码:

with open("file_in.fasta") as original, open("file_out.fasta", "w") as corrected:
    for seq_record in SeqIO.parse(original,'fasta'):
        desc=seq_record.description
        seq_dict={seq_record.id + '_1':seq_record.seq}
        SeqIO.write(seq_dict.values(),corrected,'fasta')

但我收到此错误:AttributeError:“Seq”对象没有属性“id”

Answer 1

考虑到您想要将 _1 添加到每个 > 行的末尾，您不需要字典，您可以直接修改序列记录:

from Bio import SeqIO

with open("file_in.fasta") as original, open("file_out.fasta", "w") as corrected:
    for seq_record in SeqIO.parse(original,'fasta'):
        seq_record.description += '_1'
        seq_record.id = seq_record.description.split()[0]
        SeqIO.write(seq_record, corrected, 'fasta')

像这样修改 .description 和 .id 很重要

请注意，使用 sed 这样的 UNIX 工具，这也是一个简单的任务，除非您也在做其他事情，否则您实际上并不需要 Biopython。