r - geom_smooth 没有出现在 ggplot 上

Question

我正在做一些粘度实验，我正在尝试用 ν 与 θ 绘制 Eyring 图。
当我使用 ggplot2 创建绘图时我无法显示我的模型。

这些是使用的值:

> theta
[1] 25 30 35 40 45
> nu
[1] 1.448462 1.362730 1.255161 1.167408 1.083005

在这里，我使用上面的值创建了图:

plot <-
  ggplot()+
  geom_point(mapping = aes(theta, nu), colour = "#0072bd", size = 4, shape = 16)+
  theme_bw()+
  labs(
    x = expression(paste(theta,  " ", "[°C]")), 
    y = expression(paste("ln(", nu, ")", " ", "[mPa*s]")))+
  ylim(0, 10)+
  xlim(0, 100)

That's what the plot looks like.

现在，我用 geom_smooth() 添加我的模型

plot +
  geom_smooth(
    method = "nls", 
    method.args = list(formula = nu~a*exp(b/theta), 
                       start=list(a=1, b=0.1)))

但什么也没发生……甚至没有错误信息，情节看起来和以前一样。

我也试过把 formula直接作为 geom_smooth()参数和起始值也是如此，

plot +
  geom_smooth(
    method = "nls",
    formula = nu~a*exp(b/theta),
    start=list(a=1, b=0.1))

但后来我得到了

Error:Unknown parameter: start

任何人都可以找到我犯的错误吗？

提前致谢!

干杯

编辑

在分离美学映射时，

plot <-
  ggplot()+
  aes(theta, nu)+
  geom_point(colour = "#0072bd", size = 4, shape = 16)+
  theme_bw()+
  labs(
    x = expression(paste(theta,  " ", "[°C]")), 
    y = expression(paste("ln(", nu, ")", " ", "[mPa*s]")))+
  ylim(0, 10)+
  xlim(0, 100)

我收到以下错误(仍然没有任何变化):

警告信息:

1: In min(x) : no non-missing arguments to min; returning Inf 2: In max(x) : no non-missing arguments to min; returning -Inf 3: Computation failed in stat_smooth(): $ operator is invalid for atomic vectors

Answer 1

您有几件事情正在发生，其中许多已在评论中指出。

一旦您将变量放入 ggplot 的 data.frame 中并在 ggplot 中全局定义您的美学或在每个 geom 内，主要发生在 geom_smooth 中的公式期待您引用y和 x而不是变量名。 geom_smooth将使用您映射到的变量 y和 x在 aes .

您将遇到的另一个复杂情况概述 here .因为你没有从 predict.nls 得到标准错误，您需要使用 se = FALSE在 geom_smooth .

这是您的 geom_smooth代码可能如下所示:

geom_smooth(method = "nls", se = FALSE, 
              method.args = list(formula = y~a*exp(b/x), start=list(a=1, b=0.1)))

这是完整的代码和情节。

ggplot(df, aes(theta, nu))+
    geom_point(colour = "#0072bd", size = 4, shape = 16)+
    geom_smooth(method = "nls", se = FALSE,
              method.args = list(formula = y~a*exp(b/x), start=list(a=1, b=0.1))) +
    theme_bw()+
    labs(
        x = expression(paste(theta,  " ", "[°C]")), 
        y = expression(paste("ln(", nu, ")", " ", "[mPa*s]")))+
    ylim(0, 10) +
    xlim(0, 100)

请注意 geom_smooth除非您使用 fullrange = TRUE，否则不会超出数据集的范围而不是默认值。如果您只有 5 个数据点，这可能非常值得怀疑。

ggplot(df, aes(theta, nu))+
    geom_point(colour = "#0072bd", size = 4, shape = 16)+
    geom_smooth(method = "nls", se = FALSE, fullrange = TRUE,
              method.args = list(formula = y~a*exp(b/x), start=list(a=1, b=0.1))) +
    theme_bw()+
    labs(
        x = expression(paste(theta,  " ", "[°C]")), 
        y = expression(paste("ln(", nu, ")", " ", "[mPa*s]")))+
    ylim(0, 10) +
    xlim(0, 100)