perl 脚本，用于在 multifasta 文件中搜索主题并将完整序列与标题行一起打印

Question

我能够在多 fasta 文件中搜索一个主题并打印包含该主题的行......但我需要打印所有序列以及包含 fasta 序列的主题的标题行。请帮助我，我只是 perl 的初学者

#!usr/bin/perl -w
use strict;

print STDOUT "Enter the motif: ";
my $motif = <STDIN>;
chomp $motif;


my $line;
open (FILE, "data.fa");
while ($line = <FILE>) {
  if ($line =~ /$motif/)  {
     print $line;
   }
}

Answer 1

尝试这个:

Bio::DB::Fasta

页面上的说明。有关更多示例或说明，只需在 Google 上搜索:“use Bio::DB::Fasta”

要安装它，只需按照以下任何说明进行安装，我建议以 super 用户身份使用 CPAN.pm 方法:

Installing Perl Modules