python - numpy2ri 与 rpy2 2.2.2 的转换问题

Question

我正在使用 rpy2-2.2.2 和新的免费 Enthought python 发行版，其中包括 numpy 1.6.0 和 python 2.7.2。我 easy_installed rpy2 导致安装了 v.2.2.2 并且所有测试都成功。

我遇到的问题是我编写的代码在 rpy2 2.1.8 和 python 2.6 上运行良好。问题在于将数组从 numpy 转换为 R。

以下是相关代码片段:

import rpy2                    
import rpy2.rinterface as rinterface
import rpy2.robjects as rob    
import rpy2.rlike.container as rlc
import numpy as np            
import rpy2.robjects.numpy2ri  
r = rob.r
...
    HGr     = rob.conversion.py2ri(HG_reg)
    RHSr    = rob.conversion.py2ri(RHS)
    #
    CalData = rlc.TaggedList([HGr,RHSr],tags=('hg','rhs'))
    CalData = rob.DataFrame(CalData)

    r('''library(pls)''')
    #rob.globalEnv["HGr"] = HGr
    #rob.globalEnv["RHSr"] = RHSr
    rob.globalenv["CalData"] = CalData


    # perform the PLS regression
    if wetlflag:
        HGresults = r.plsr(r("hg ~ rhs.1 + rhs.2 + rhs.3 + rhs.4"),data=CalData,validation="LOO")

我很高兴地承认这不是最优雅的做事方式，但它以前有效，现在当我需要提供结果时，一切都被破坏了(!)。我得到的错误如下:

   Traceback (most recent call last):
  File "Mercury_PLS_WL_DF.py", line 224, in <module>
    HGr     = rob.conversion.py2ri(HG_reg)
  File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/7.1/lib/python2.7/site-packages/rpy2-2.2.2dev_20110726-py2.7-macosx-10.5-i386.egg/rpy2/robjects/__init__.py", line 134, in default_py2ri
    raise(ValueError("Nothing can be done for the type %s at the moment." %(type(o))))
ValueError: Nothing can be done for the type <type 'numpy.ndarray'> at the moment.

我找到了讨论here并得到了 numpy 数组现在自动转换为 R 数组的印象，但是注释掉 rob.conversion.py2ri(HG_reg) 语句并直接使用 numpy 数组似乎也失败了。我错过了一些明显的东西吗？为什么会在 2.1.8 和 2.2.2 之间中断？

Answer 1

来自http://rpy.sourceforge.net/rpy2/doc-2.2/html/numpy.html#from-numpy-to-rpy2 :

Warning

In earlier versions of rpy2, the import was all that was needed to have the conversion. A side-effect when importing a module can lead to problems, and there is now an extra step to make the conversion active: call the function rpy2.robjects.activate().

因此，在导入之后添加 rpy2.robjects.activate() 就可以了。