Python/LXML - 从 etree 获取 "grandchildren"

Question

这是我正在遍历的 XML 树的示例:

<entry dataset="Swiss-Prot" created="1993-07-01+01:00" modified="2013-04-03+01:00" version="144">
  <accession>P31750</accession>
  <accession>Q62274</accession>
  <accession>Q6GSA6</accession>
  <name>AKT1_MOUSE</name>
  <protein>
    <recommendedName>
      <fullName>RAC-alpha serine/threonine-protein kinase</fullName>
      <ecNumber>2.7.11.1</ecNumber>
    </recommendedName>
    <alternativeName>
      <fullName>AKT1 kinase</fullName>
    </alternativeName><alternativeName>
      <fullName>Protein kinase B</fullName>
     ..........

我正在尝试访问 recommendedName ，这是当前的 Python我用来实现它的代码:

protein = e.find("{http://uniprot.org/uniprot}protein")
r_names = []
for child in protein.find("recommendedName"):
     for subchild in child.find("fullName"):
          r_names.append(subchild.text)

e在这种情况下代表 <entry>至</entry> 。当我尝试运行此代码时，Python 解释器出现以下错误:

for child in protein.find("recommendedName"):
  TypeError: 'NoneType' object is not iterable

所以它告诉我 child这里不是一个可迭代的对象。我真的不明白，因为 protein绝对是可迭代的，所以如果 finds它应该是可迭代的。无论如何，我将如何使用 lxml到达孙节点的API recommendedName和alternativeName ？

Answer 1

for child in protein.find("recommendedName"):
  TypeError: 'NoneType' object is not iterable

错误消息表明 Protein.find 返回 None 。因此没有找到 recommendedName 元素。

由于您使用命名空间来查找蛋白质，因此您可能需要使用

for child in protein.find("{http://uniprot.org/uniprot}recommendedName")

或者更好，

for child in protein.xpath("uniprot:recommendedName",
                           namespaces = dict(uniprot='http://uniprot.org/uniprot'))