python - 通过Python进行密码子比对？

Question

我有一对编码 DNA 序列，我希望通过 Python 执行成对密码子比对，我已经“完成了一半”该过程。

到目前为止..

• 我使用 Biopython 包从 genbank 检索成对的直系同源 DNA 序列。
• 我将直系同源对翻译成肽序列，然后使用 EMBOSS Needle 程序对它们进行比对。

我希望..

• 将肽序列中的缺口转移到原始 DNA 序列中。

问题

我很感激有关程序/代码(从Python调用)的建议，这些程序/代码可以将对齐的肽序列对中的间隙转移到相应核苷酸序列对的密码子上。或者可以从头开始进行成对密码子比对的程序/代码。

Answer 1

您所需要做的就是将核苷酸序列分成三联体。每个氨基酸是一个三联体，每个缺口是三个缺口。所以在伪代码中:

for x in range(0, len(aminoacid)):
    if x != "-":
       print nucleotide[3x:3x+3]
    else:
       print "---"