python - 按顺序寻找图案

Question

我正在寻找可能的脚本算法，该算法将搜索 str 对象中定义的长 DNA 序列以查找指定的基序(较短的 DNA 片段)，对每个发现进行计数(假设我的 seq 有几个相同的基序)，然后打印检测到基序的序列中的第一个核苷酸编号。

假设在每个对象下面定义，我应该在某个循环中使用这样的搜索，因为下面的两个例子只能找到主题 1 次。指定此类循环的正确方法是什么？

#Loading data
seq = open('motif.txt', 'r')
chains=[]
[chains.append(line[:-1]) for line in seq]
Seq,Motif = chains[0], chains[1]
count=0


# Search motif
Seq.find(Motif)

if y == 1:
    print "%s has been detected" %(Motif)

if Motif in Seq:
    print "%s has been detected" %(Motif)

Answer 1

是否已经存在可以做到这一点的东西？生物Python？但无论如何，这并不难，而且你不需要循环:

import re

seq='aaattatagggatatata'

motif='ata'

Q=re.compile(motif)

[item.start(0) for item in Q.finditer(seq)] #or maybe item.start(0)+1 if you want it
#Out[23]: [5, 11, 15]