python - 如何将 dicom 数据集导出到 Excel？

Question

我对编码还很陌生，有几个问题。我正在处理一些文件扩展名为“.dcm”的 MRI 图像。我导入了“dicom”模块，它允许我从文件中提取特定参数(例如患者姓名、年龄、扫描类型等)。然后将这些值写入记事本(值以制表符分隔)，然后导出到 Excel。

我想添加到脚本中的第一个功能是能够在子文件夹中搜索具有“.dcm”扩展名的文件，并能够在脚本中打开每个文件并提取我需要的信息。截至目前，我只在当前目录中查找“.dcm”文件。如果我使用下面的代码，我可以从子文件夹中获取所有文件名，但是当我尝试使用内置的“dicom.read_file()”方法打开它们时，它显然会给我一个错误，该文件可能会找不到。有没有办法解决这个问题？

my_List= []
for root, dirs, files in os.walk(path):
 for names in files:
  if names.endswith(".dcm"):
   my_List.append(names)

其次，如何提高代码的效率。我有很多重复的语句，特别是当我将值写入记事本时。有更好/更快的方法吗？我还有什么可以改进的地方？

最后，有没有办法直接将我需要的值导出到记事本然后再导出到excel？

for i in range(len(my_List)):     


    ds = dicom.read_file(my_List[i])
    if ds.SeriesDescription not in Series:

        info = {}
        info['PatientName']=ds.PatientName

        info['SeriesDescription']=ds.SeriesDescription
        Series.append(ds.SeriesDescription)
        getRepetitionTime(ds)
        getEchoTime(ds)
        getInversionTime(ds)
        getNumberOfAverages(ds)
        getSpacingBetweenSlices(ds)
        getPercentSampling(ds)
        getPercentPhaseFieldOfView(ds)
        getAcquisitionMatrix(ds)
        getFlipAngle(ds)
        getImagesInAcquisition(ds)
        getPixelSpacing(ds)
        f.write(info['PatientName'])
        f.write("\t")
        f.write(info['SeriesDescription'])
        f.write("\t")
        f.write(info['RepetitionTime'])
        f.write("\t")
        f.write(info['EchoTime'])
        f.write("\t")
        f.write(info['InversionTime'])
        f.write("\t")
        f.write(info['NumberOfAverages'])
        f.write("\t")
        f.write(info['SpacingBetweenSlices'])
        f.write("\t")
        f.write(info['PercentSampling'])
        f.write("\t")
        f.write(info['PercentPhaseFieldOfView'])
        f.write("\t")
        f.write(info['AcquisitionMatrix'])
        f.write("\t")
        f.write(info['FlipAngle'])
        f.write("\t")
        f.write(info['ImagesInAcquisition'])
        f.write("\t")     
        f.write(info['PixelSpacing'])
        f.write("\n")

Answer 1

可能需要一些调整，因为我没有任何 dcm 文件可供测试，但您可以理解:

import xlsxwriter
import os
import dicom


dcm_files = []
for root, dirs, files in os.walk(path):
    for names in files:
        if names.endswith(".dcm"):
            dcm_files.append(os.path.join(root, names))

for dcm_file in dcm_files:
    ds = dicom.read_file(dcm_file)
    workbook = xlsxwriter.Workbook(os.path.basename(dcm_file) + '.xlsx')
    worksheet = workbook.add_worksheet()

    data = (
            ["RepetitionTime", ds.get("RepetitionTime", "None")],
            ["EchoTime", ds.get("EchoTime", "None")],
            .
            .
            .
            )

    row = 0
    col = 0

    for name, value in (data):
        worksheet.write(row, col,     name)
        worksheet.write(row, col + 1, value)
        row += 1

    workbook.close()