python - 在 Python 文件 Pycharm 中导入 Cython 类

Question

如何在 pycharm python 文件中导入已编译的 cython 文件？

这是我的设置。

从我的项目根目录中，cython 类是“/classes/knn.cpython-35m-x86_64-linux-gnu.so”。我的 python 文件是“/classes/testing_cython_knn.py”。

我在“/classes/”中有一个“__init __.py”文件...

<小时/>

但是，Pycharm 无法将“.so”文件识别为我可以导入的文件。我需要做什么才能使该文件可供导入，以便我可以对其进行测试？

<小时/>

目前，我已经在常规的基于终端的 python 中成功编译并导入了一个“helloworld.so”文件...但是，我定义的函数是一个 pythonic 函数...没有 C 语言的东西。

我的 Cythonic 文件是:

import numpy as np
cimport numpy as np


from scipy.stats import mode
from scipy.spatial.distance import cdist
from threading import Thread



cdef class KNN:
    cdef public int k
    cdef public str metric
    cdef public np.ndarray trainingX
    cdef public np.ndarray trainingY
    cdef public np.ndarray predict(self,np.ndarray X):
        cdef np.ndarray distances,predicted_classes,sorted_distance_indices

        distances = cdist(X,self.trainingX,metric=self.metric)
        predicted_classes = np.zeros(X.shape[0],dtype=np.float64)
        sorted_distance_indices = np.argpartition(distances,self.k,axis=1)[:,:self.k]
        predicted_classes,_ = mode(self.trainingY[sorted_distance_indices])
        return predicted_classes

和setup.py:

from distutils.core import setup
from distutils.extension import Extension
from Cython.Build import cythonize
import numpy


extensions = [
    Extension("knn",["cKNN.pyx"]),
    Extension("*",["*.pyx"],include_dirs=[numpy.get_include()])]

setup(ext_modules = cythonize(extensions),include_dirs=[numpy.get_include()])

目前，导入到终端上运行的 python 时失败，并出现导入错误:

Dynamic module does not define module export function (PyInit_knn)

Answer 1

我注意到的第一件事是您正在重命名您的扩展程序。对于 Cython，扩展名必须与要编译的文件名相对应。这应该可以解决

Dynamic module does not define module export function (PyInit_knn)

其次，您声明了两个扩展名，但您只有一个文件(需要 Numpy)，因此您应该完全删除第一个扩展名(* 将处理文件夹中的所有 .pyx 文件)或删除其次，将“include_dirs”指令集成到第一个扩展中，因此您应该将扩展列表更改为:

extensions = [
    Extension("cKNN",["cKNN.pyx"],include_dirs=[numpy.get_include()])]

如果您使用 --inplace 或者将 .so 文件移动到正确的位置，它将被导入。 Pycharm 与此无关，这完全取决于 Cpython，但是，在 setup.py 中，您必须小心正确设置路径。如果您的项目的文件夹结构如下:

- knnProject (this opens in Pycharm) 
- - knnextension
- - - classes
- - - - __init__.py
- - - - cKNN.pyx
- - - __init__.py (this is required to do module import from /classes)
- - setup.py
- - test.py

您的扩展应该显示:

extensions = [
        Extension("knnextension/classes/cKNN",["knnextension/classes/cKNN.pyx"],include_dirs=[numpy.get_include()])]

共享库文件(.so 或 .pyd)将显示在/classes 内(通过使用 --inplace)。在 classes/__init__.py 文件中，您可以使用以下命令导入类:

from .cKNN import KNN

然后来自 test.py:

from knnextension.classes import KNN

检查其他工作 cython 扩展，like my own ，看看结构可能是什么样的(也使用 Numpy)。