python - 在 python 中使用变量作为新文件名称的一部分

Question

我对 python 相当陌生，我的 python 脚本 (split_fasta.py) 遇到了问题。这是我的问题的示例:

list = ["1.fasta", "2.fasta", "3.fasta"]
for file in list:
    contents = open(file, "r")
    for line in contents:
        if line[0] == ">":
            new_file = open(file + "_chromosome.fasta", "w")
            new_file.write(line)

我省略了程序的底部部分，因为不需要它。我的问题是，当我在与 fasta123 文件相同的目录中运行该程序时，它工作得很好:

python split_fasta.py *.fasta

但是如果我在不同的目录中并且我希望程序将新文件(例如 1.fasta_chromsome.fasta)输出到我当前的目录...它不会:

python /home/bin/split_fasta.py /home/data/*.fasta

这仍然会在与 fasta 文件相同的目录中创建新文件。我确定这里的问题出在这一行:

new_file = open(file + "_chromosome.fasta", "w")

因为如果我将其更改为:

new_file = open("seq" + "_chromosome.fasta", "w")

它在我的当前目录中创建一个输出文件。

我希望这对你们中的一些人有意义，并且我可以获得一些建议。

Answer 1

您将提供旧文件的完整路径以及新名称。所以基本上，如果file ==/home/data/something.fasta，输出文件将是file + "_chromosome.fasta"，即/home/数据/something.fasta_chromosome.fasta

如果您在file上使用os.path.basename，您将获得文件的名称(即在我的示例中，something.fasta)

来自@Adam Smith

You can use os.path.splitext to get rid of the .fasta

basename, _ = os.path.splitext(os.path.basename(file))

<小时/>

回到代码示例，我看到了很多Python不推荐的东西。我会详细介绍。

避免隐藏内置名称，例如 list、str、int...它不明确，可能会导致以后出现潜在问题.

打开文件进行读取或写入时，应使用 with 语法。强烈建议这样做，因为它会小心地关闭文件。

with open(filename, "r") as f:
    data = f.read()
with open(new_filename, "w") as f:
    f.write(data)

如果文件中有空行，line[0] == ... 将导致 IndexError 异常。请改用 line.startswith(...)。

最终代码:

files = ["1.fasta", "2.fasta", "3.fasta"]
for file in files:
    with open(file, "r") as input:
        for line in input:
            if line.startswith(">"):
                new_name = os.path.splitext(os.path.basename(file)) + "_chromosome.fasta"
                with open(new_name, "w") as output:
                    output.write(line)

人们常常对我说“太棒了”。并不真地 :)。缩进级别明确了上下文是什么。