python - 查找 ID 坐标

Question

我有 2 个文件，

1) A B       2) A,chr1,startA,endA
   C D          B,chr1,startB,endB
   B A          C,chr1,startC,endC
                D,chr1,startD,endD

我想要的输出，

A chr1 startA endA B chr1 startB endB
C chr1 startC endC D chr1 startD endD
B chr1 startB endB A chr1 startA endA

我的尝试为我提供了第一个 ID 的字符、开始和结束，但我不知道如何关联和附加第二个 ID。

f1=open('input1','r')
f2=open('input2','r')
output = open('out.txt','w')
dictA= dict()
for line1 in f1:
    listA = line1.strip('\n').split('\t')
    dictA[listA[0]] = listA
for line1 in f2:
    new_list=line1.rstrip('\r\n').split(',')
    query=new_list[0]
    chrom=new_list[1]
    start=new_list[2]
    end=new_list[3]
    if query in dictA:
        listA = dictA[query]
        output.write(str(listA[0])+'\t'+str(listA[1])+'\t'+chrom+'\t'+start+'\t'+end+'\n')
 output.close()

Answer 1

根据您想要的输出，我认为您可能会稍微落后。似乎将第二个文件的内容存储在字典中，然后使用第一个文件的内容在字典中查找数据更有意义，如下所示

import io

f1 = io.StringIO('A\tB\nC\tD\nB\tA\n')
f2 = io.StringIO('A,chr1,startA,endA\r\nB,chr1,startB,endB\r\nC,chr2,startC,endC\r\nD,chr1,startD,endD')

dictA = dict()
for line in f2:
    temp = line.strip().split(',')
    dictA[temp[0]] = temp[1:]

for line in f1:
    id1, id2 = line.strip().split('\t')
    print('\t'.join([id1] + dictA.get(id1, []) + [id2] + dictA.get(id2, [])))

运行此结果

A   chr1    startA  endA    B   chr1    startB  endB
C   chr2    startC  endC    D   chr1    startD  endD
B   chr1    startB  endB    A   chr1    startA  endA

如果我假设我有包含内容的file1.txt

A   B
C   D
B   A

和file2.txt及其内容

A,chr1,startA,endA
B,chr1,startB,endB
C,chr1,startC,endC
D,chr1,startD,endD

然后我可以使用文件读取和写入方法来生成您的输出

f1 = open('file1.txt', 'r')
f2 = open('file2.txt', 'r')
output_file = 'output.txt'

dictA = dict()
for line in f2:
    temp = line.strip().split(',')
    dictA[temp[0]] = temp[1:]
with open(output_file, 'w') as fp:
    for line in f1:
        id1, id2 = line.strip().split('\t')
        fp.write('\t'.join([id1] + dictA.get(id1, []) + [id2] + dictA.get(id2, [])) + '\n')