python:在生物网络上使用networkX作为有向边

Question

正如标题所示，我使用 networkX 来表示 Python 中的一些细胞网络。由于图像很大，因此网络位于本文的底部。

我这样做的原因是因为其中一些节点被视为“输入”，有些节点被视为“输出”，并且我需要能够计算信号路径的数量(来自输入的路径数量)输出)每个节点参与。但是，我不认为 networkX 提供边缘方向性，我认为计算节点的信号路径需要边缘方向性。

有谁知道是否可以在 networkX 中向边缘添加方向，或者是否可以计算没有方向性的信号路径？

这是我编写的代码，直到我意识到我需要有方向的边缘:

import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt
G=nx.Graph()
molecules = ["CD40L", "CD40", "NF-kB", "XBP1", "Pax5", "Bach2", "Irf4", "IL-4", 
"IL-4R", "STAT6", "AID", "Blimp1", "Bcl6", "ERK", "BCR", "STAT3", "Ag", "STAT5", 
"IL-21R", "IL-21", "IL-2", "IL-2R"]
Bcl6_edges = [("Bcl6", "Bcl6"), ("Bcl6", "Blimp1"), ("Bcl6", "Irf4")]
STAT5_edges = [("STAT5", "Bcl6")]
edges = Bcl6_edges + STAT5_edges
G.add_nodes_from(molecules)
G.add_edges_from(edges)

Answer 1

尝试 G = nx.DiGraph() 创建有向图。