python - 如何为多个文件运行Python脚本？

Question

我有一个脚本，可以根据 > 之后的字符串按字母顺序对 FASTA 序列进行排序。以下是使用单个输入文件 35.fas 的代码示例。

import os, sys
import argparse
from Bio import SeqIO

records = list(SeqIO.parse("35.fas", "fasta"))
records.sort(key=lambda x : x.id)
SeqIO.write(records, "35-sorted.fas", "fasta")

fasta 文件示例:

>BAR
ATCG
>ABC
TCGA

正确输出:

>ABC
TCGA
>BAR
ATCG

所以，我想对数百个文件尝试这个，并尝试了“sys.argv”，但无法做到这一点。我不想为每个文件使用不同的输出名称作为 * 排序。只是想运行脚本并对扩展名为 .fas 的文件夹中的所有文件进行排序。这是无效的代码:

records = list(SeqIO.parse("sys.argv[0]", "fasta"))
records.sort(key=lambda x : x.id)
SeqIO.write(records, "sys.arg[0]-sorted.fas", "fasta")

Answer 1

您可能错误地使用了sys.argv，它是所有命令行参数的数组，第一个是正在运行的文件本身，例如，请看以下内容:

import sys
for f in sys.argv:
    print(f)

当您将文件 a.txt、b.txt 和 c.txt 拖到脚本上时，它将打印以下内容(其中 ... 省略了完整路径):

.../a.txt

.../b.txt

.../c.txt

您可以将其实现到您的脚本中:

import os, sys
import argparse
from Bio import SeqIO

for f in sys.argv[1:]:
    records = list(SeqIO.parse(f, "fasta"))
    records.sort(key=lambda x : x.id)
    SeqIO.write(records, f[:-4] + "-sorted.fas", "fasta")