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python - Python 中的生物信息学序列聚类

转载作者：行者123 更新时间：2023-11-30 22:21:22

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我正在尝试寻找一种新的方法来聚类序列数据。我实现了我的方法并得到了它的准确率。现在我应该将它与可用的方法进行比较，看看它是否按我的预期工作。

能否告诉我生物信息学领域最著名的方法是什么以及Python中这些方法对应的包是什么？我是一名工程师，不知道该领域最准确的方法，我应该将我的方法与它们进行比较。

最佳答案

两种常用的方法是:

CH-点击，http://weizhongli-lab.org/cd-hit/
Uclust(USEARCH，32位版本免费)https://drive5.com/usearch/

两者都是命令行工具，都是用 C++ 编写的(我认为)

关于python - Python 中的生物信息学序列聚类，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/48666310/

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