python - Mpi4py代码不会停止运行

Question

我正在使用一个非常基本的Python代码(文件名:test_mpi.py)来尝试使用mpi4py在Python中进行并行编程。我想做的是拥有一个所有条目都为零的二维 numpy 数组。然后使用集群中的特定处理器来增加 numpy 数组的特定元素的值。

具体来说，我有一个 3*3 numpy 矩阵 (mat)，其中所有元素均为零。当我的代码完成运行(跨多个处理器)后，我希望矩阵如下所示:

mat = [[ 1.  2.  3.]
       [ 4.  5.  6.]
       [ 7.  8.  9.]]

这是一个相当简单的任务，我希望我的代码在几分钟内完成运行(如果不是更短的时间)。我的代码持续运行很长时间并且不会停止执行(最终我必须在几个小时后删除该作业。)

这是我的代码:

from __future__ import division
from mpi4py import MPI
import os
import time
import numpy as np

comm = MPI.COMM_WORLD
nproc = comm.Get_size()
rank = comm.Get_rank()

start_time = time.time()

mat = np.zeros((3,3))

comm.bcast([ mat , MPI.DOUBLE], root=0)


for proc in range(1, nproc):
    if rank == proc:
        print "I'm processor: ", rank
        var = proc
        comm.send( var, dest=0, tag = (proc*1000) ) 
        print "Processor: ", rank, " finished working."


if rank == 0:
    print "Hello! I'm the master processor, rank: ", rank 
    for i in range(0,dim):
        for j in range(0, dim):
            proc = ((i*j)+1)
            mat[i,j] += comm.recv(source=proc, tag=(proc*1000) )


     np.savetxt('mat.txt', mat) 



print time.time() - start_time

这是我执行此 python 代码的作业脚本:

#!/bin/sh

#PBS -l nodes=2:ppn=16
#PBS -N test_mpi4py
#PBS -m abe
#PBS -l walltime=168:00:00
#PBS -j eo
#PBS -q physics

cd $PBS_O_WORKDIR
export OMP_NUM_THREADS=16
export I_MPI_PIN=off
echo 'This job started on: ' `date`

/opt/intel/impi/2018.0.128/intel64/bin/mpirun -np 32 python test_mpi.py

我使用qsub jobscriptname.sh来运行作业脚本。我在这里缺少什么？我将不胜感激这里的任何帮助。

Answer 1

您的代码未完成，因为某些 MPI 通信未完成。

MPI 要求每次发送都应该有一次接收。您的第一个循环由每个 MPI 进程等级独立执行，条件 rank == proc除了 0 之外，每个等级都会满足一次。因此排名comm.send将被执行nproc - 1次。您的第二个循环已执行 dim * dim次。因此comm.recv也将被执行dim*dim次。除非nproc - 1 == dim * dim 。某些要求将无法满足recv或send操作将无限期地等待完成。对于您的示例 31 != 9 ，因此直到超过挂起时间后通信才会完成。

为了修复这个错误，让我们稍微澄清一下算法。因此，我们希望从 1 到 9 的每一列负责 3x3 矩阵中的一个元素。每个进程排名帖子comm.send要求。进程等级 0 按一定顺序接收请求并将其存储在矩阵的相应元素中。其余的队伍(如果有的话)什么也不做。

让我们介绍三项变化:

1. 初始化 dim 的值
2. 将检查处理器等级 0 的条件运算符移出循环
3. 修复元素 mat[i,j] 对应的排名计算目前这是不正确的(例如，对于中心元素 mat[1,1]，排名应该是 5，而不是 1 * 1 + 1 = 2)

代码

这是我修改后得到的结果:

from __future__ import division
from mpi4py import MPI
import os
import time
import numpy as np

comm = MPI.COMM_WORLD
nproc = comm.Get_size()
rank = comm.Get_rank()

start_time = time.time()

dim = 3
mat = np.zeros((dim,dim))

comm.bcast([ mat , MPI.DOUBLE], root=0)

if rank > 0:
    if rank <= dim * dim:
        print "I'm processor: ", rank
        var = rank
        req = comm.send( var, dest=0, tag = (rank*1000) )
    print "Processor: ", rank, " finished working."
else:
    print "Hello! I'm the master processor, rank: ", rank 
    for i in range(0,dim):
        for j in range(0, dim):
            proc = ((i*dim)+j)+1
            if proc < nproc:
                mat[i,j] += comm.recv(source=proc, tag=(proc*1000) )
    np.savetxt('mat.txt', mat)

输出

这是输出:

mpirun -np 5 python mpi4.py 

保存到mat.txt以下矩阵

1.000000000000000000e+00 2.000000000000000000e+00 3.000000000000000000e+00
4.000000000000000000e+00 0.000000000000000000e+00 0.000000000000000000e+00
0.000000000000000000e+00 0.000000000000000000e+00 0.000000000000000000e+00

还有

mpirun -np 32 python mpi4.py 

保存到mat.txt以下矩阵

1.000000000000000000e+00 2.000000000000000000e+00 3.000000000000000000e+00
4.000000000000000000e+00 5.000000000000000000e+00 6.000000000000000000e+00
7.000000000000000000e+00 8.000000000000000000e+00 9.000000000000000000e+00

10 是产生正确结果的最小进程等级数。