python - 函数调用的结果不是 float 组

Question

继我之前的两篇文章( post1 、 post 2 )之后，我现在已经达到了使用 scipy 来查找曲线拟合的地步。但是，我的代码会产生错误。

我正在使用的 .csv 文件的示例位于 post1 中。我尝试复制并替换互联网上的示例，但似乎不起作用。

这是我所拥有的(.py 文件)

import pandas as pd
import numpy as np
from scipy import optimize

df = pd.read_csv("~/Truncated raw data hcl.csv", usecols=['time' , '1mnaoh trial 1']).dropna()
data1 = df

array1 = np.asarray(data1)
x , y = np.split(array1,[-1],axis=1)

def func(x, a , b , c , d , e):
    return a + (b - a)/((1 + c*np.exp(-d*x))**(1/e))

popt, pcov = optimize.curve_fit(func, x , y , p0=[23.2, 30.1 , 1 , 1 , 1])

popt

根据我所做的有限研究，这可能是 x 和 y 数组的问题。标题指出了所写的错误。这是一个minpack.error。

编辑:返回错误

ValueError: object too deep for desired array
Traceback (most recent call last):
  File "~/test2.py", line 15, in <module>
    popt, pcov = optimize.curve_fit(func, x , y , p0=[23.2, 30.1 , 1 , 1 , 1])
  File "~/'virtualenvname'/lib/python3.7/site-packages/scipy/optimize/minpack.py", line 744, in curve_fit
res = leastsq(func, p0, Dfun=jac, full_output=1, **kwargs)
  File "~/'virtualenvname'/lib/python3.7/site-packages/scipy/optimize/minpack.py", line 394, in leastsq
    gtol, maxfev, epsfcn, factor, diag)
minpack.error: Result from function call is not a proper array of floats.

谢谢。

Answer 1

分割后，x和y的形状为(..., 1)。这意味着它们本身的每个元素都是长度为 1 的数组。您想首先展平数组，即通过 x = np.flatten(x) 。但我认为你根本不需要 split 。您只需执行以下操作

array1 = np.asarray(data1).T
x , y = array1

您希望 x 和 y 为 array1 的第一列和第二列。因此，实现此目的的一个简单方法是首先转置数组。您还可以通过 [:,0] 和 [:,1] 访问它们。