mysql - dbUploadTemplate [pkg-monitor] 上的 R 包 monitoR 错误

Question

我正在使用 R 包 monitoR并收到一条我无法理解的错误消息。

我正在尝试使用 dbUploadTemplate 命令将关联模板列表(“bithTemps”)上传到 MySQL 数据库(“noh”)。

dbUploadTemplate(templates = bithTemps,
             uid = "root",
             pwd = "****",
             db.name = "noh",
             analyst = 1, 
             locationID = "2",
             date.recorded = "2017/09/07",
             recording.equip = "Unknown",
             species.code = "BITH",
             type = "COR")

返回:

Error: $ operator is invalid for atomic vectors

我已确认 ODBC 连接正常工作，模板列表正常工作(即，在调用包中的其他参数时它工作)，并且 SQL 数据库具有分析师、位置和物种代码所需的条目.

Answer 1

看来这个错误实际上是由非功能性 ODBC 连接触发的。这部分dbUploadTemplate函数

  species <- RODBC::sqlQuery(dbCon, paste("SELECT `pkSpeciesID`, `fldSpeciesCode` FROM `tblSpecies` WHERE `fldSpeciesCode` = '", 
        paste(species.code, sep = "", collapse = "' OR `fldSpeciesCode` = '"), 
        "'", sep = ""))

查询 SQL 数据库中的表并返回名为“物种”的对象。如果查询失败(例如，因为 RODBC 无法连接)则 'species' 为空，然后进行以下操作

        speciesID <- NULL    
for (i in 1:length(species.code)) {
    speciesID[i] <- species$pkSpeciesID[species$fldSpeciesCode == 
        species.code[i]]
}

触发错误。修复 ODBC 连接可解决错误。