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我正在编写一个程序来将文件解析为另一种格式。输入文件的大小为 20Gb,因此我转向 C 来解析它,但是当我的输出文件达到 4.3Gb(这大约是 41 秒标记)时,程序会出现段错误。
当拖尾输出文件时,它显示它已停止在写入过程中提供输出。
输入文件位于 ftp://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/idmapping/文件被压缩为 idmapping.dat.gz
程序应该解析整个文件,而不仅仅是给出段错误。
int main()
{
char line[256];
char placeholdertoken[256];
char placeholderline[256];
char *token1, *token2, *token3;
char *chdup;
char *tab, *newline, *semicolom, *empty;
FILE *fp;
FILE *fs;
fp = fopen("idmapping.dat", "r");
fs = fopen("parsedidmapping.dat", "w");
if( fp == NULL )
{
perror("Error while opening the file.\n");
exit(EXIT_FAILURE);
}
strcpy(tab,"\t");
strcpy(newline,"\n");
strcpy(semicolom,";");
strcpy(empty,"");
strcpy(placeholdertoken,"");
while (fgets(line, sizeof(line), fp) != NULL)
{
token1 = strtok(line, "\t");
token2 = strtok(NULL, "\t");
token3 = strtok(NULL, "\n");
if (strcmp(token1, placeholdertoken) == 0) {
strcat(placeholderline, token2);
strcat(placeholderline, semicolom);
strcat(placeholderline, token3);
strcat(placeholderline, tab);
}
else {
strcat(placeholderline, newline);
strcpy(placeholdertoken,token1);
fputs(placeholderline, fs);
strcpy(placeholderline, empty);
strcat(placeholderline, token1);
strcat(placeholderline, tab);
strcat(placeholderline, token2);
strcat(placeholderline, semicolom);
strcat(placeholderline, token3);
strcat(placeholderline, tab);
}
}
fclose(fs);
fclose(fp);
return 0;
}
最佳答案
您的placeholdertoken[]
未初始化。您的 placeholderline
未分配任何内存。
我很惊讶它运行了 41
秒。
关于C 程序在 41 秒后给出段错误,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/33694194/
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