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C 程序在 41 秒后给出段错误

转载 作者:行者123 更新时间:2023-11-30 21:17:53 26 4
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我正在编写一个程序来将文件解析为另一种格式。输入文件的大小为 20Gb,因此我转向 C 来解析它,但是当我的输出文件达到 4.3Gb(这大约是 41 秒标记)时,程序会出现段错误。

当拖尾输出文件时,它显示它已停止在写入过程中提供输出。

输入文件位于 ftp://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/idmapping/文件被压缩为 idmapping.dat.gz

程序应该解析整个文件,而不仅仅是给出段错误。

int main()
{
char line[256];
char placeholdertoken[256];
char placeholderline[256];
char *token1, *token2, *token3;
char *chdup;
char *tab, *newline, *semicolom, *empty;
FILE *fp;
FILE *fs;
fp = fopen("idmapping.dat", "r");
fs = fopen("parsedidmapping.dat", "w");

if( fp == NULL )
{
perror("Error while opening the file.\n");
exit(EXIT_FAILURE);
}

strcpy(tab,"\t");
strcpy(newline,"\n");
strcpy(semicolom,";");
strcpy(empty,"");
strcpy(placeholdertoken,"");

while (fgets(line, sizeof(line), fp) != NULL)
{

token1 = strtok(line, "\t");
token2 = strtok(NULL, "\t");
token3 = strtok(NULL, "\n");

if (strcmp(token1, placeholdertoken) == 0) {
strcat(placeholderline, token2);
strcat(placeholderline, semicolom);
strcat(placeholderline, token3);
strcat(placeholderline, tab);
}
else {
strcat(placeholderline, newline);
strcpy(placeholdertoken,token1);
fputs(placeholderline, fs);
strcpy(placeholderline, empty);
strcat(placeholderline, token1);
strcat(placeholderline, tab);
strcat(placeholderline, token2);
strcat(placeholderline, semicolom);
strcat(placeholderline, token3);
strcat(placeholderline, tab);
}
}

fclose(fs);
fclose(fp);
return 0;
}

最佳答案

您的placeholdertoken[]未初始化。您的 placeholderline 未分配任何内存。

我很惊讶它运行了 41 秒。

关于C 程序在 41 秒后给出段错误,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/33694194/

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