c - MPI_Gather C 中的结构数组

Question

我正在尝试使用 MPI_Gather 收集结构数组。我使用 MPI_Type_contigulous 创建了一个结构“Final”的派生数据类型“mystruct”(每个元素都是 double )。然后，我在简单的 MPI_Send 和 MPI_Receive 中使用此派生数据类型来检查它是否正确且有效。现在，我想使用 MPI_Gather 收集整个结构数组，每个结构都具有派生数据类型“mystruct”。

使用发送和接收，我知道 MPI_Type_contigious 部分是正确的。 MPI_Gather 之后，MASTER 只是在应该从子进程收集信息的位置打印元素的零。

typedef struct{
        double Angle;
        double E_ODD;
        double OD_KE;
        double OD_L;
        double D_E;
}Final;

int main(int argc, char** argv)
{
ierr = MPI_Init(&argc,&argv);
ierr = MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD,&numprocs);
ierr = MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD,&taskid);

int totalnum_trajectories = file_size/9 //File that has xyz cartesian
                                        //coordinates for three atoms

int localnum_trajectories = totalnum_trajectories/numprocs;


Final worker_results[localnum_trajectory];
//Each processor does some analysis for its local number of trajectories
//and results go into worker_results buffer for each trajectory. 

//Create a datatype for the nth worker_results[n] struct
MPI_Datatype mystruct;
MPI_Type_contiguous(5,MPI_DOUBLE,&mystruct);
MPI_Type_commit(&mystruct);

//MASTER buffer: should get all local struct arrays from 
//children processors to one larger array of structs, equaling 
//the total number of trajectories
Final master_results[totalnum_trajectories];

ierr = MPI_Gather(worker_results, localnum_trajectory, mystruct, \
                  master_results, totalnum_trajectories, \
                  mystruct, MASTER, MPI_COMM_World);

//Do some I/O with MASTER; everything should be in master_results buffer

MPI_Finalize();
return(0);
}

正确的 MPI_Gather 后，MASTER 应该拥有正确 I/O 的所有子结果。

Answer 1

我明白了。正如评论所暗示的，MASTER 的接收计数应该是来自每个处理器的项目数(因此 localnum_trajectoires)，而不是来自所有处理器的计数总数。因此，除了 MPI_Gather MASTER 计数之外，一切都是正确的，它应该类似于

ierr = MPI_Gather(worker_results, localnum_trajectories, mystruct,\
                  master_results, localnum_trajectories, mystruct,\
                  MASTER, MPI_COMM_WORLD);

干杯!!!