- html - 出于某种原因,IE8 对我的 Sass 文件中继承的 html5 CSS 不友好?
- JMeter 在响应断言中使用 span 标签的问题
- html - 在 :hover and :active? 上具有不同效果的 CSS 动画
- html - 相对于居中的 html 内容固定的 CSS 重复背景?
<分区>
我有一个包含多个蛋白质序列的 FASTA 文件。格式是这样的
----------------------
>protein1
MYRALRLLARSRPLVRAPAAALASAPGLGGAAVPSFWPPNAAR
MASQNSFRIEYDTFGELKVPNDKYYGAQTVRSTMNFKIGGVTE
RMPTPVIKAFGILKRAAAEVNQDYGLDPKIANAIMKAADEVAE
GKLNDHFPLVVWQTGSGTQTNMNVNEVISNRAIEMLGGELGSK
IPVHPNDHVNKSQ
>protein2
MRSRPAGPALLLLLLFLGAAESVRRAQPPRRYTPDWPSLDSRP
LPAWFDEAKFGVFIHWGVFSVPAWGSEWFWWHWQGEGRPYQRF
MRDNYPPGFSYADFGPQFTARFFHPEEWADLFQAAGAKYVVLT
TKHHEGFTNW*
>protein3
MKTLLLLAVIMIFGLLQAHGNLVNFHRMIKLTTGKEAALSYGF
CHCGVGGRGSPKDATDRCCVTHDCCYKRLEKRGCGTKFLSYKF
SNSGSRITCAKQDSCRSQLCECDKAAATCFARNKTTY`
-----------------------------------
有没有什么好的方法可以读入这个文件并分别存储序列?
谢谢
我有一个小的 DNA 序列 fasta 文件,它看起来像这样: >NM_000016 700 200 234 ACATATTGGAGGCCGAAACAATGAGGCGTGATCAACTCAGTATAT
我想使用以下脚本从一个大的 fasta 文件中提取特定的 fasta 序列,但输出为空。 transcripts.txt 文件包含我要从 assembly.fasta 导出到 selected_tra
我有一个名为 fasta1.fasta 的多 fasta 文件,其中包含序列及其 ID。我想要的是剪切具有 ID 的序列 header 并将其减少为仅包含序列的 ID 登录号。我使用了命令行 grep
我有一个 DNA 序列的小 fasta 文件,如下所示: sequence 1 > ACATATTGGAGGCCGAAACAATGAGGCGTGATCAACTCAGTATATCAC sequence
我试图找到一个 python 解决方案,使用序列的完整 header 作为查询来提取 fasta 文件中特定序列的长度。完整的 header 作为变量存储在管道的早期(即“CONTIG”)。我想将此脚
我有数千个文件,它们是序列名称列表及其序列,每行一个单独的文件,如下所示: L.abdalai.LJAMM.14363.SanMartindeLosAndes CCCTAAGAATAAT
我有数千个文件,它们是序列名称列表及其序列,每行一个单独的文件,如下所示: L.abdalai.LJAMM.14363.SanMartindeLosAndes CCCTAAGAATAAT
我有一个 fasta 文件,其中包含序列 header 及其相应的序列,如下所示: >ID101_hg19 ATGGGTGTATCGTACCC >ID102_hg19 AGCTTTAGCGGGGTAC
我正在设计一个需要在早期阶段之一输入 .fasta 文件的代码。现在,我正在使用此函数验证输入: def file_validation(fasta): while True:
我知道有很多类似的问题,我已经通读了其中的许多问题。但我仍然无法让我的代码工作。有人可以帮我指出问题吗?谢谢! (base) $ head Sample.pep2 >M00000032072 gene
我有一个包含数千个登录号的文件: 看起来像这样.. >NC_033829.1 Kallithea virus isolate DrosEU46_Kharkiv_2014, complete genom
我想从输入 fasta 文件中检索第 nth 序列(或者最好从 nth 到 mth 序列),理想情况下使用 unix“单线”。 我知道我可以用 perl(或任何其他脚本语言)读取序列、计数,然后打印序
向全世界的 Perl 大师们问好。 我在编程方面遇到了另一个麻烦。我正在编写一个程序,该程序从具有特定输入编号的蛋白质组 fasta 文件中选择随机序列。 一般的 fasta 文件如下所示: >seq
我想根据包含新名称的文本文件更改 fasta 文件中的序列名称。我找到了几种方法,但 seqkit 给人留下了很好的印象,无论如何我无法让它运行。 通过键值文件将键替换为值 fasta 文件 seq.
我只想从多个序列的 fasta 文件中提取第一个序列。我在下面有这段代码,但我无法让循环恰到好处地相互配合。 while (my $line = ) { chomp $line;
向全世界的 Perl 大师们问好。 我在编程方面遇到了另一个麻烦。我正在编写一个程序,该程序从具有特定输入编号的蛋白质组 fasta 文件中选择随机序列。 一般的 fasta 文件如下所示: >seq
我有一个 fasta 文件,其中序列用换行符分隔。我想删除换行符。这是我的文件的示例: >accession1 ATGGCCCATG GGATCCTAGC >accession2 GATATCCATG
我想根据包含新名称的文本文件更改 fasta 文件中的序列名称。我找到了几种方法,但 seqkit 给人留下了很好的印象,无论如何我无法让它运行。 通过键值文件将键替换为值 fasta 文件 seq.
下面是我用于搜索在命令行输入的 FASTA 文件以查找用户提供的主题的代码。当我运行它并输入一个我知道在文件中的主题时,它返回“找不到主题”。我只是 Perl 的初学者,我无法弄清楚如何让它打印找到的
我有一个这样的 fasta 文件(myfasta.fasta): >aat.2.2344.a ATTGCCGGTTTAATATTA >aat.2.d2344.acc ATTGCCGGTTTAATAAA
我是一名优秀的程序员,十分优秀!