c - 将值从 R 传递到 C 后，接收 *** 捕获段错误 ***、 'memory not mapped' 和损坏的结果

Question

我正在尝试实现 R 与 C 的简单集成。最初很简单:我想通过 .C 将值从 R 传递到内置于 .o 共享库中的 C 函数.Call 函数。 C 函数应该简单地打印通过 printf 传入的值。

这是我的 .Call 方法:

.Call("test", as.integer(5), as.character("A"), as.character("string_test"))

还有我的 C 代码:

#include <stdio.h>

void test(int integer, char character, char **str) {
        printf("Integer: %i\nChar: %c\nString: %s\n", integer, character, *str);
}

但是当我通过控制台从 R 调用 C 函数(RStudio 崩溃)并启用 gdb 时，我收到:

Integer: 1466480376  
Char: �  
Float: -100407552.000000  
String:   
***caught segfault ***  
address 0x20000090, cause 'memory not mapped'

Traceback:
 1: .Call("test", as.integer(5), as.character("A"), as.character("string_test"))

好像这还不够，我们可以看到传入的值打印得非常奇怪。

我所做的一步一步的详细信息:

我使用 gcc 构建了 .o 共享库:

gcc -shared -o func_teste.o -fPIC func_teste.c

并准备好在 R 环境中动态加载:

$ R CMD SHLIB func_teste.o 
gcc -m64 -I/usr/include/R -DNDEBUG   -I/usr/local/include   -fpic  -O2 -g -pipe -Wall -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches -specs=/usr/lib/rpm/redhat/redhat-hardened-cc1 -m64 -mtune=generic  -c func_teste.c -o func_teste.o
gcc -m64 -shared -L/usr/lib64/R/lib -Wl,-z,relro -specs=/usr/lib/rpm/redhat/redhat-hardened-ld -o func_teste.so func_teste.o -L/usr/lib64/R/lib -lR

最后，在 R 控制台内，我运行了:

>dyn.load('func_teste.o')
>.Call("test", as.integer(5), as.character("A"), as.character("string_test"))

有人知道为什么会发生这种情况吗？

Answer 1

R 提供了两个主要函数用于与 C 代码(以及 C++ 代码或任何其他能够使用 C 接口(interface)的语言)进行接口(interface):- .C() 是使用 int*、double* 等的旧接口(interface)- .Call() 是使用 SEXP 对象的更新、更强大的接口(interface)

现在，.Call() 看起来更复杂，但它更强大也更安全。几乎普遍的共识是 .C() 不应再使用(请参阅 r-devel 列表和其他地方的各种讨论)。

.Call() 的主要缺点是您需要学习如何打包和解包您的值。或者......你作弊并让 Rcpp 为你做。因此，这里是 OP 示例的一行解决方案:

> library(Rcpp)
> cppFunction("void mytest(int i, char c, std::string str) { printf(\"Integer: %i  Char: %c  String: %s\\n\", i, c, str.c_str()); }")
> mytest(42L, 'Q', "a boat")
Integer: 42  Char: Q  String: a boat
> 

我将 char* 设为字符串。请注意，cppFunction() 需要对字符串进行转义，您可能需要查看sourceCpp() 和包以进行实际工作。 Rcpp 文档有详细信息。