c - C 和 CUDA-C 代码中的 NVCC 链接错误

Question

我正在研究 DNA 片段组装项目。仅 CPU 版本是使用 GCC 用 C 语言构建的，我正在尝试使用 NVCC 构建 GPU 版本。

这是生成文件

all : clean FragmentAssembly.exe

FragmentAssembly.exe : Common.o Fragment.o ILS.o Consensus.o main.o
    nvcc -pg -o FragmentAssembly.exe Common.o Fragment.o ILS.o Consensus.o main.o 

Common.o : Common.cu
    nvcc -pg -o Common.o -c Common.cu

Fragment.o : Fragment.cu
    nvcc -pg -o Fragment.o -c Fragment.cu

ILS.o : ILS.cu
    nvcc -pg -o ILS.o -c ILS.cu

Consensus.o : Consensus.cu
    nvcc -pg -o Consensus.o -c Consensus.cu

main.o : main.cu
    nvcc -pg -o main.o -c main.cu

clean : 
    rm -f *.exe *.o

正如所见，原始的.c 文件变成了.cu 文件，以便nvcc 正确编译它们。除了 main.cu 之外，所有 cu 文件都包含其相应文件(Common.h for Common.cu 等)。

ILS.h包含全局变量p_instanceFragments和p_instanceLength的定义

问题是在编译 NVCC 时，由于未知原因，我收到以下错误:

Consensus.o:(.bss+0x0): multiple definition of `p_instanceFragments'
ILS.o:(.bss+0x0): first defined here
Consensus.o:(.bss+0x8): multiple definition of `p_instanceLength'
ILS.o:(.bss+0x8): first defined here

不存在真正的多重定义，因为相同的代码是使用 GCC 正确构建的。看起来，ILS.h 被 ILS.cu 和 Consensus.cu 两次包含在 nvcc 中。这也是不可能的，因为我已经用 #ifndef .. #define .. #endif 语句包装了所有头文件，以避免多次包含和无限包含循环。

也许与 makefile 命令有关？或者我应该使用 gcc 进行链接？你能告诉我如何处理吗？

问候，

Answer 1

讨论后:这里是对所发生事件的描述:

如果您使用 gcc 并且有两个文件(假设 f1.c 和 f2.c )，并且在这两个文件中声明:

int myGlobalVariable;

然后会发生以下情况:

• 编译时f1.c进入f1.o ，目标文件将为 myGlobalVariable 保留空间.
• 编译时f2.c进入f2.o ，目标文件还将为 myGlobalVariable 保留空间。 .
• 当您将两个目标文件链接在一起时，链接器将检测到有两个名为 myGlobalVariable 的变量。并将这些变量合并在一起。

现在看来nvcc编译器/链接器无法能够合并这些变量。

问题是，文件 ILS.h声明<some type> p_instanceFragments; 。因为ILS.h均包含在 ILS.cu 中和Consensus.cu ，你会得到这个变量两次并且 nvcc当它必须链接应用程序时会提示。

解决方案是声明 extern <some type> p_instanceFragments;在ILS.h然后定义<some type> p_instanceFragments;要么在 ILS.cu 或 Consensus.cu (两者都不存在)。

问题What are extern variables in C有一个相当广泛的答案，详细解释了所有这些。