控制 MPI_COMM_SPAWN 的节点映射

Question

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整个问题可以概括为我正在尝试复制调用system(或fork)的行为，但在 mpi 环境中。 (事实证明，你不能并行调用system。)这意味着我有一个程序在许多节点上运行，每个节点上有一个进程，然后我希望每个进程调用一个外部程序(所以对于 n 个节点，我将运行外部程序的 n 个副本)，等待所有这些副本完成，然后继续运行原始程序。

为了以并行环境中安全的方式实现这一点，我一直在使用MPI_COMM_SPAWN 和阻塞发送的组合。以下是我的实现的一些示例父程序和子程序(代码采用 Fortran 90，但语法与 C 程序类似):

父级.f90:

program parent

    include 'mpif.h'

    !usual mpi variables                                                                                                
    integer                        :: size, rank, ierr
    integer                        :: status(MPI_STATUS_SIZE)

    integer MPI_COMM_CHILD, ri
    integer tag
    character *128 message

    call MPI_Init(ierr)
    call MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, size, ierr)
    call MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, rank, ierr)

    write(*, *) "I am parent on rank", rank, "of", size                                                 

    call MPI_COMM_SPAWN('./child', MPI_ARGV_NULL, 1, MPI_INFO_NULL, 0, &
        MPI_COMM_SELF, MPI_COMM_CHILD, MPI_ERRCODES_IGNORE, ierr)

    write(*, *) "Parent", MPI_COMM_SELF, "child comm", MPI_COMM_CHILD

    tag = 1
    call MPI_RECV(message, 128, MPI_CHARACTER, 0, tag, MPI_COMM_CHILD,&
                  status, ierr)
    write(*, *) "Parent", MPI_COMM_SELF, "child comm", MPI_COMM_CHILD,&
                "!!!"//trim(message)//"!!!"

    call mpi_barrier(mpi_comm_world, ierr)
    call MPI_Finalize(ierr)

end program parent

子.f90:

program child

  include 'mpif.h'

  !usual mpi variables                                                                                                
  integer                        :: size, rank, ierr, parent
  integer                        :: status(MPI_STATUS_SIZE)

  integer MPI_COMM_PARENT, psize, prank
  integer tag
  character *128 message

  call MPI_init(ierr)
  call MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, size, ierr)
  call MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, rank, ierr)

  call MPI_Comm_get_parent(MPI_COMM_PARENT)
  call MPI_Comm_size(MPI_COMM_PARENT, psize, ierr)
  call MPI_Comm_rank(MPI_COMM_PARENT, prank, ierr)

  write(*, *) "I am child on rank", rank, "of", size, "with comm",&
              MPI_COMM_WORLD, "and parent", MPI_COMM_PARENT,&
              psize, prank

  tag = 1
  message = 'Hello Mom and/or Dad!'
  call MPI_SEND(message, 128, MPI_CHARACTER, 0, tag, MPI_COMM_PARENT, ierr)

  call mpi_barrier(MPI_COMM_WORLD, ierr)
  call MPI_Finalize(ierr)

end program child

使用 ifort 16.0.3 和 intel openmpi 1.10.3 进行编译并使用(例如)mpirun -np 4 ./parent 运行后，我得到以下输出:

 I am parent on rank           0 of           4
 I am parent on rank           1 of           4
 I am parent on rank           2 of           4
 I am parent on rank           3 of           4
 Parent           1 child comm           3
 I am child on rank           0 of           1 with comm           0 and parent
           3           1           0
 Parent           1 child comm           3 !!!Hello Mom and/or Dad!!!!
 Parent           1 child comm           3
 I am child on rank           0 of           1 with comm           0 and parent
           3           1           0
 Parent           1 child comm           3
 I am child on rank           0 of           1 with comm           0 and parent
           3           1           0
 Parent           1 child comm           3 !!!Hello Mom and/or Dad!!!!
 Parent           1 child comm           3 !!!Hello Mom and/or Dad!!!!
 Parent           1 child comm           3
 I am child on rank           0 of           1 with comm           0 and parent
           3           1           0
 Parent           1 child comm           3 !!!Hello Mom and/or Dad!!!!

这本质上就是我想要的行为。据我了解，通过使用 maxprocs=1、root=0 和 MPI_COMM_SELF 作为父通信器，我告诉每个父进程生成 1 个仅了解其父级的子级，因为它是 MPI_COMM_SELF 范围的 root=0 (也是唯一的进程)。然后我要求它等待来自子进程的消息。子进程获取父进程的 (SELF) 通信器，并将其消息发送到只能是父进程的 root=0。所以这一切都很好。

问题:

我希望每个进程都能在自己的节点上生成其子进程。我运行的 mpi 进程数等于节点数，当我调用 mpirun 时，我使用标志 --map-by node 来确保一个进程每个节点。我希望子进程能够以某种方式继承它，否则不知道任何其他节点的存在。但我看到的行为是非常不可预测的，一些进程分布在节点上，而其他节点(特别是主 mpi 进程的 root=0)上有很多堆积。

是否有某种方法可以确保将进程绑定(bind)到父进程的节点？也许通过我可以传递给 MPI_COMM_SPAWN 的 MPI_Info 选项？

Answer 1

Open MPI 中的每个 MPI 作业都以分布在一台或多台主机上的一组插槽开始。这些槽由初始 MPI 进程和作为子 MPI 作业的一部分生成的任何进程使用。在您的情况下，可以在类似于以下内容的主机文件中提供主机:

host1 slots=2 max_slots=2
host2 slots=2 max_slots=2
host3 slots=2 max_slots=2
...

slots=2 max_slots=2 将 Open MPI 限制为每个主机仅运行两个进程。

初始作业启动应为每个主机指定一个进程，否则 MPI 将使用父作业中的进程填充所有槽位。 --map-by ppr:1:node 可以解决这个问题:

mpiexec --hostfile hosts --map-by ppr:1:node ./parent

现在的问题是，随着新的子作业的产生，Open MPI 将继续以先到先得的方式填充插槽，因此不能保证子进程将在与其父进程相同的主机上启动。要强制执行此操作，请按照 Gilles Gouaillardet 的建议将 info 参数的 host 键设置为 MPI_Get_processor_name 返回的主机名:

character(len=MPI_MAX_PROCESSOR_NAME) :: procn
integer :: procl
integer :: info

call MPI_Get_processor_name(procn, procl, ierr)

call MPI_Info_create(info, ierr)
call MPI_Info_set(info, 'host', trim(procn), ierr)

call MPI_Comm_spawn('./child', MPI_ARGV_NULL, 1, info, 0, &
...

您的 MPI 作业可能会中止并显示以下消息:

--------------------------------------------------------------------------
All nodes which are allocated for this job are already filled.
--------------------------------------------------------------------------

这基本上意味着请求的主机要么已满(所有插槽已满)或者该主机不在原始主机列表中，因此没有分配插槽它。前者显然不是这种情况，因为主机文件为每个主机列出了两个插槽，而父作业仅使用一个插槽。 host 键值对中提供的主机名必须与初始主机列表中的条目完全匹配。通常情况下，主机文件仅包含不合格的主机名，如第一段中的示例主机文件，而如果设置了域部分，则 MPI_Get_processor_name 返回 FQDN，例如 node1。 some.domain.local、node2.some.domain.local 等。解决方案是在主机文件中使用 FQDN:

host1.example.local slots=2 max_slots=2
host2.example.local slots=2 max_slots=2
host3.example.local slots=2 max_slots=2
...

如果分配是由 SLURM 等资源管理器提供的，则解决方案是转换 MPI_Get_processor_name 的结果以匹配 RM 提供的结果。

请注意 MPI_Comm_spawn 的手册页列出了 add-host 键，该键应该将值中的主机名添加到作业的主机列表中:

add-host               char *   Add the specified host to the list of
                                hosts known to this job and use it for
                                the associated process. This will be
                                used similarly to the -host option.

根据我的经验，这从未起作用(使用 Open MPI 至 1.10.4 进行测试)。