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我正在尝试加速我的 cython 代码。我遇到了this link作者描述了如何使用指针代替numpy数组来提高 cython 代码的速度。在我的宇宙学类(class)中,瓶颈是Da函数。我对C中的指针不太熟悉,如果有人给我一个想法,我将不胜感激:
是否可以将类的方法定义为指针,例如在我的例子中将 np.ndarray[double, ndim=1] Da
转换为 double* Da
?
from __future__ import division
import numpy as np
cimport numpy as np
cimport cython
import copy
cdef extern from "gsl/gsl_math.h":
ctypedef struct gsl_function:
double (* function) (double x, void * params)
void * params
cdef extern from "gsl/gsl_integration.h":
ctypedef struct gsl_integration_workspace
gsl_integration_workspace * gsl_integration_workspace_alloc(size_t n)
void gsl_integration_workspace_free(gsl_integration_workspace * w)
int gsl_integration_qags(const gsl_function * f, double a, double b, double epsabs, double epsrel, size_t limit, gsl_integration_workspace * workspace, double *result, double *abserr)
cdef double func_callback(double x, void* params):
return (<cosmology>params).__angKernel(x)
cdef class cosmology(object):
cdef public double omega_m, omega_l, h, w, omega_r, G, v_c
cdef object omega_c
def __init__(self,double omega_m = 0.3, double omega_l = 0.7, double h = 0.7, double w = -1, double omega_r = 0., double G = std_G):
self.omega_m = omega_m
self.omega_l = omega_l
self.omega_r = omega_r
self.omega_c = (1. - omega_m - omega_l)
self.h = h
self.w = w
self.G = G
self.v_c = v_c
def __copy__(self):
return cosmology(omega_m = self.omega_m, omega_l = self.omega_l, h = self.h, w = self.w, omega_r = self.omega_r, G = self.G)
property H0:
def __get__(self):
return 100*self.h #km/s/MPC
cpdef double a(self, double z):
return 1./(1.+z)
cpdef double E(self, double a):
return (self.omega_r*a**(-4) + self.omega_m*a**(-3) + self.omega_c*a**(-2) + self.omega_l)**0.5
@cython.boundscheck(False)
@cython.wraparound(False)
@cython.nonecheck(False)
cdef double __angKernel(self, double x):
"""Integration kernel for angular diameter distance computation.
"""
return self.E(x**-1)**-1
@cython.boundscheck(False)
@cython.wraparound(False)
@cython.nonecheck(False)
cpdef np.ndarray[double, ndim=1] Da(self, np.ndarray[double, ndim=1] z, double z_ref=0):
cdef gsl_integration_workspace* w =gsl_integration_workspace_alloc(1000)
cdef gsl_function F
F.function = &func_callback
F.params = <void*>self
cdef double result = 3, error = 5
cdef double err, rk, zs, omc
omc=self.omega_c
cdef np.ndarray[double,ndim=1] d = np.ones_like(z, dtype=np.float64, order='C')
cdef int i, num
num = len(z)
for i in range(num):
zs=z[i]
if zs < 0:
raise ValueError("Redshift z must not be negative")
if zs < z_ref:
raise ValueError("Redshift z must not be smaller than the reference redshift")
gsl_integration_qags(&F, z_ref+1, zs+1, 0, 1e-7, 1000, w, &result, &error)
d[i], err = result, error
# check for curvature
rk = (fabs(omc))**0.5
if (rk*d[i] > 0.01):
if omc > 0:
d[i] = sinh(rk*d[i])/rk
if omc < 0:
d[i] = sin(rk*d[i])/rk
gsl_integration_workspace_free(w)
return d/(1.+z)
提前致谢。
最佳答案
自从我在 cython 中开发以来已经有一段时间了,但是如果我没记错的话,我相信您可以按如下方式声明该函数:
ctypedef double* ( * Da)(double* z, double z_ref, int length)
此函数将返回 double 类型的数组,并允许您将 double 数组作为 z 传递。这是一个函数指针,所以可能不完全是您想要的。
ctypedef double* Da(double* z, double z_ref, int length)
这将完成同样的事情,但作为一个常规函数,而不仅仅是一个函数指针。函数和函数指针之间的区别是您必须为函数指针分配一个指向的函数。
关于python - 将指针定义为类的方法?,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/29560823/
我想了解 Ruby 方法 methods() 是如何工作的。 我尝试使用“ruby 方法”在 Google 上搜索,但这不是我需要的。 我也看过 ruby-doc.org,但我没有找到这种方法。
Test 方法 对指定的字符串执行一个正则表达式搜索,并返回一个 Boolean 值指示是否找到匹配的模式。 object.Test(string) 参数 object 必选项。总是一个
Replace 方法 替换在正则表达式查找中找到的文本。 object.Replace(string1, string2) 参数 object 必选项。总是一个 RegExp 对象的名称。
Raise 方法 生成运行时错误 object.Raise(number, source, description, helpfile, helpcontext) 参数 object 应为
Execute 方法 对指定的字符串执行正则表达式搜索。 object.Execute(string) 参数 object 必选项。总是一个 RegExp 对象的名称。 string
Clear 方法 清除 Err 对象的所有属性设置。 object.Clear object 应为 Err 对象的名称。 说明 在错误处理后,使用 Clear 显式地清除 Err 对象。此
CopyFile 方法 将一个或多个文件从某位置复制到另一位置。 object.CopyFile source, destination[, overwrite] 参数 object 必选
Copy 方法 将指定的文件或文件夹从某位置复制到另一位置。 object.Copy destination[, overwrite] 参数 object 必选项。应为 File 或 F
Close 方法 关闭打开的 TextStream 文件。 object.Close object 应为 TextStream 对象的名称。 说明 下面例子举例说明如何使用 Close 方
BuildPath 方法 向现有路径后添加名称。 object.BuildPath(path, name) 参数 object 必选项。应为 FileSystemObject 对象的名称
GetFolder 方法 返回与指定的路径中某文件夹相应的 Folder 对象。 object.GetFolder(folderspec) 参数 object 必选项。应为 FileSy
GetFileName 方法 返回指定路径(不是指定驱动器路径部分)的最后一个文件或文件夹。 object.GetFileName(pathspec) 参数 object 必选项。应为
GetFile 方法 返回与指定路径中某文件相应的 File 对象。 object.GetFile(filespec) 参数 object 必选项。应为 FileSystemObject
GetExtensionName 方法 返回字符串,该字符串包含路径最后一个组成部分的扩展名。 object.GetExtensionName(path) 参数 object 必选项。应
GetDriveName 方法 返回包含指定路径中驱动器名的字符串。 object.GetDriveName(path) 参数 object 必选项。应为 FileSystemObjec
GetDrive 方法 返回与指定的路径中驱动器相对应的 Drive 对象。 object.GetDrive drivespec 参数 object 必选项。应为 FileSystemO
GetBaseName 方法 返回字符串,其中包含文件的基本名 (不带扩展名), 或者提供的路径说明中的文件夹。 object.GetBaseName(path) 参数 object 必
GetAbsolutePathName 方法 从提供的指定路径中返回完整且含义明确的路径。 object.GetAbsolutePathName(pathspec) 参数 object
FolderExists 方法 如果指定的文件夹存在,则返回 True;否则返回 False。 object.FolderExists(folderspec) 参数 object 必选项
FileExists 方法 如果指定的文件存在返回 True;否则返回 False。 object.FileExists(filespec) 参数 object 必选项。应为 FileS
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