java - 如何创建包含两个字段的自定义类列表并获取输出？

Question

我需要在 Java 中列出一个基因序列以及我关心的部分的起始位置。我使用 .txt 文件作为输入，然后在序列中搜索“GT”。一旦找到它，我想将它存储在具有相应索引的数组中。我做不到。请指导我。

import java.io.File;
import java.io.FileInputStream;
import java.io.IOException;
import java.nio.MappedByteBuffer;
import java.nio.channels.FileChannel;
import java.nio.charset.Charset;
import java.util.ArrayList;
import java.util.List;
import java.util.logging.Level;
import java.util.logging.Logger;


class Signal{
    public String signal;
    public int  pos;
    public Signal(String s, int p) {
        s = signal;
        p = pos;

    }


public static String inputSequence(String filename) throws IOException{


        FileInputStream stream = new FileInputStream(new File(filename));

        try {
            FileChannel fc = stream.getChannel();
            MappedByteBuffer bb = fc.map(FileChannel.MapMode.READ_ONLY, 0, fc.size());

    return Charset.defaultCharset().decode(bb).toString();

}
        finally{
            stream.close();
        }
    }
    public static void main(String[] args) {

     String c1 = "GT";
     String seq = null;
         List<Signal> s2 = new ArrayList<Signal>();
         String s1;
         int i;

         try {
            seq = inputSequence(path);
         } catch (IOException ex) {
            Logger.getLogger(Signal.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex);
         }
         for (i = 0; i < seq.length() - 2; i++ ) {
     s1 = seq.substring(i,i+2);
        if (s1.equals(c1)){

            Signal ss = new Signal(s1, i);
            s2.add(ss);

}

    }
         System.out.print(s2);

    }
}

Answer 1

你的构造函数应该如下所示:

public Signal(String s, int p) {
    signal = s;
    pos = p;
}

之后它应该可以正常工作。