python - 在 R/Python 中为边缘节点三角形邻接矩阵创建共聚类

Question

我有以下边(行)节点(列)三角形邻接矩阵，其中如果边属于三角形，则每个条目中都有一个。我想在这个矩阵上进行联合聚类(但正如你所见，它不是传统的邻接矩阵)。如果 R 中已经有一些共聚类函数，有什么办法吗？我知道 R 在 blockcluster 中包含 cocluster 函数，但找不到一个很好的示例来使用它。 Python/R 代码/包应该适合我。

这是图表

library(igraph)
set.seed(1)
g <- erdos.renyi.game(15, .6)

73 x 15 sparse Matrix of class "dgCMatrix"

 [1,] 1 1 . . . . . . . . . . . . .
 [2,] . 1 1 . . . . . . . . . . . .
 [3,] 1 . . . 1 . . . . . . . . . .
 [4,] . 1 . . 1 . . . . . . . . . .
 [5,] . . 1 . 1 . . . . . . . . . .
 [6,] . . . 1 1 . . . . . . . . . .
 [7,] 1 . . . . 1 . . . . . . . . .
 [8,] . . . 1 . 1 . . . . . . . . .
 [9,] 1 . . . . . 1 . . . . . . . .
[10,] . 1 . . . . 1 . . . . . . . .
[11,] . . 1 . . . 1 . . . . . . . .
[12,] . . . . . 1 1 . . . . . . . .
[13,] 1 . . . . . . 1 . . . . . . .
[14,] . . 1 . . . . 1 . . . . . . .
[15,] . . . 1 . . . 1 . . . . . . .
[16,] . . . . 1 . . 1 . . . . . . .
[17,] . . . . . 1 . 1 . . . . . . .
[18,] . . . . . . 1 1 . . . . . . .
[19,] 1 . . . . . . . 1 . . . . . .
[20,] . . . 1 . . . . 1 . . . . . .
[21,] . . . . 1 . . . 1 . . . . . .
[22,] . . . . . 1 . . 1 . . . . . .
[23,] . . . . . . 1 . 1 . . . . . .
[24,] . . . . . . . 1 1 . . . . . .
[25,] 1 . . . . . . . . 1 . . . . .
[26,] . 1 . . . . . . . 1 . . . . .
[27,] . . 1 . . . . . . 1 . . . . .
[28,] . . . . 1 . . . . 1 . . . . .
[29,] . . . . . . 1 . . 1 . . . . .
[30,] . . . . . . . 1 . 1 . . . . .
[31,] . . . . . . . . 1 1 . . . . .
[32,] . . 1 . . . . . . . 1 . . . .
[33,] . . . 1 . . . . . . 1 . . . .
[34,] . . . . 1 . . . . . 1 . . . .
[35,] . . . . . 1 . . . . 1 . . . .
[36,] . . . . . . . 1 . . 1 . . . .
[37,] . . . . . . . . 1 . 1 . . . .
[38,] . 1 . . . . . . . . . 1 . . .
[39,] . . 1 . . . . . . . . 1 . . .
[40,] . . . 1 . . . . . . . 1 . . .
[41,] . . . . 1 . . . . . . 1 . . .
[42,] . . . . . 1 . . . . . 1 . . .
[43,] . . . . . . 1 . . . . 1 . . .
[44,] . . . . . . . 1 . . . 1 . . .
[45,] . . . . . . . . 1 . . 1 . . .
[46,] . . . . . . . . . . 1 1 . . .
[47,] 1 . . . . . . . . . . . 1 . .
[48,] . 1 . . . . . . . . . . 1 . .
[49,] . . 1 . . . . . . . . . 1 . .
[50,] . . . 1 . . . . . . . . 1 . .
[51,] . . . . . 1 . . . . . . 1 . .
[52,] . . . . . . 1 . . . . . 1 . .
[53,] . . . . . . . . 1 . . . 1 . .
[54,] . . . . . . . . . 1 . . 1 . .
[55,] . . . . . . . . . . 1 . 1 . .
[56,] 1 . . . . . . . . . . . . 1 .
[57,] . 1 . . . . . . . . . . . 1 .
[58,] . . 1 . . . . . . . . . . 1 .
[59,] . . . 1 . . . . . . . . . 1 .
[60,] . . . . . 1 . . . . . . . 1 .
[61,] . . . . . . . 1 . . . . . 1 .
[62,] . . . . . . . . . 1 . . . 1 .
[63,] . . . . . . . . . . 1 . . 1 .
[64,] . . . . . . . . . . . . 1 1 .
[65,] . 1 . . . . . . . . . . . . 1
[66,] . . . 1 . . . . . . . . . . 1
[67,] . . . . 1 . . . . . . . . . 1
[68,] . . . . . 1 . . . . . . . . 1
[69,] . . . . . . 1 . . . . . . . 1
[70,] . . . . . . . 1 . . . . . . 1
[71,] . . . . . . . . . . 1 . . . 1
[72,] . . . . . . . . . . . . 1 . 1
[73,] . . . . . . . . . . . . . 1 1

** cocluster 函数在这个矩阵上不起作用，即使我把它变成了标准矩阵。所以我不确定是否可以对边缘节点三角形邻接矩阵进行共聚类，或者仅对标准邻接矩阵进行共聚类。在投票否决此问题或决定关闭它之前，请向我提问，我会尽力详细说明。

Answer 1

scikit-learn 中有双聚类(与联合聚类相同)

http://scikit-learn.org/stable/modules/biclustering.html

http://scikit-learn.org/stable/auto_examples/bicluster/bicluster_newsgroups.html

http://scikit-learn.org/stable/auto_examples/bicluster/plot_spectral_biclustering.html

我不知道你问题的 R 部分