python - 将混合模型移植到 pymc3

Question

我正在尝试移植高斯混合模型，如: How to model a mixture of 3 Normals in PyMC? 中定义的转到 pymc3

代码

import numpy as np
from pymc import Model, Gamma, Normal, Dirichlet
from pymc import Multinomial
from pymc import sample, Metropolis

k = 3
ndata = 500

v = np.random.randint(0, k, ndata)
data = ((v == 0)*(50 + np.random.randn(ndata))
        + (v == 1)*(-50 + np.random.randn(ndata))
        + (v == 2)*np.random.randn(ndata))

model = Model()

with model:
    dd = Dirichlet('dd', k=k, a=1, shape=k)
    precs = Gamma('precs', alpha=0.1, beta=0.1, shape=k)
    means = Normal('means', 0, 0.001, shape=k)
    category = Multinomial('category',
                           n=1,
                           p=dd,
                           shape=ndata)

    points = Normal('obs',
                    means[category],
                    precs[category],
                    observed=data)
    tr = sample(3000, step=Metropolis())

我收到以下代码错误:

AttributeError: <pymc.quickclass.Multinomial object at 0x4804210> has no default value to use, checked for: ['mode'] pass testval argument or provide one of these.

我做错了什么？

Answer 1

这是因为没有为模型中的变量传递初始值。通常这没有问题，因为模型只采用每个分布的平均值/中位数/众数并使用它们。多项式很困难，因为平均值通常给出支持范围之外的值(即非整数值)并且众数很难计算。

短期解决方案是至少为多项式提供初始值。我将在错误跟踪器上提交一个问题，以便找出长期要做什么。