python - NiftyNet:索引超出范围错误

Question

我刚刚开始使用 NiftyNet 进行医学图像分割。为了开始使用该软件，我尝试运行从 Brats Challenge 数据集 ( http://www.braintumorsegmentation.org/ ) 中分割图像的演示。

我已经下载了 Brats 数据，在其上使用了 rename_crop_brats，并设置了我的 $PYTHONPATH。但是，当我运行命令时:

python net_run.py train -c train_whole_tumor_sagittal.ini --app brats_segmentation.BRATSApp --name anisotropic_nets.wt_net.WTNet

我收到以下错误消息:

tensorflow.python.framework.errors_impl.InvalidArgumentError:提供的索引超出范围。具有广播形状的密边


我不太确定我在这里搞砸了什么，欢迎任何建议。

Answer 1

此错误意味着训练图像中的离散标签多于网络可以输出的标签。在这里，似乎有超过 2 个标签，而该网络是为了进行二元分类而设置的。

您能否检查一下 .ini 文件中的“histogram_ref_file”指向哪个文件？它应该指向 [niftynet]/demos/BRATS17 目录中提供的目录，该目录对肿瘤掩模进行二值化。该文件应包含以下文本:

labellabelfrom 0 1 2 4
labellabelto 0 1 1 1

它将所有肿瘤标签分配为 1，所有背景标签分配为 0。如果您没有给出该文件的路径，网络将自动生成它，为训练图像提供 4 个离散类别。

这能解决问题吗？