r - 如何在R中的randomForest中找到从getTree函数从根到叶子的路径？

Question

R 中 randomForest 包中的 getTree 函数显示随机森林中使用的特定树的结构。

这是 iris 数据集的示例

library(randomForest)
data(iris)
rf <- randomForest(Species ~ ., iris)
getTree(rf, 1)

这显示了 500 棵树#1 的输出:

   left daughter right daughter split var split point status prediction
1              2              3         3        2.50      1          0
2              0              0         0        0.00     -1          1
3              4              5         4        1.65      1          0
4              6              7         4        1.35      1          0
5              8              9         3        4.85      1          0
6              0              0         0        0.00     -1          2
7             10             11         2        3.10      1          0
8             12             13         4        1.55      1          0
9              0              0         0        0.00     -1          3
10             0              0         0        0.00     -1          3
11             0              0         0        0.00     -1          2
12            14             15         2        2.55      1          0
13             0              0         0        0.00     -1          2
14            16             17         2        2.35      1          0
15             0              0         0        0.00     -1          3
16             0              0         0        0.00     -1          3
17             0              0         0        0.00     -1          2

现在我的主要目标是找到从节点 1 到终端节点的路径(在这些情况下为 2、6、9、10 等)

有我可以使用的通用算法或代码吗？

9 的路径是 1 -> 3 -> 5 -> 910 的路径将为 1 -> 3 -> 6 -> 10

任何帮助将不胜感激。

Answer 1

您可以通过递归来完成此操作 - 例如:

library(randomForest)
data(iris)
set.seed(123) # for reproducibility
rf <- randomForest(Species ~ ., iris)

some_tree <- getTree(rf, 1)

some_tree

get_path_to_node <- function(tree, child){   
  parent <- which(tree[,'left daughter']==child | tree[,'right daughter']==child)
  if( parent==1 ) return(paste(parent, child,   sep='->'))
  return( paste(get_path_to_node(tree, child=parent), child, sep='->' ) )    
}

get_path_to_node(some_tree, 5)

给你1->3->5

说明:我们从节点 j 开始。我们可以通过找出哪一行有 left daughter 来找出它的“父级”是什么。等于 j或right daughter等于 j 。然后我们对其父级重复该过程，依此类推，直到我们发现父级为 1，根据定义，它是根。我们使用paste与 sep='->'边走边构建链条。