r - 如何更改二元分类的阈值

Question

我在 R 中训练了一个 GBM 模型。由于我试图预测一个非常罕见的情况，所以我得到了很多误报。我想将阳性(“良好”)情况的阈值从默认值更改为 0.7。这是到目前为止我的代码。

modFit.glm.ml <- train(as.factor(ml.training$one_lease)~., data=ml.training, method = "glm")
confusionMatrix(ml.testing$one_lease, predict(modFit.glm.ml, ml.testing), positive = "Good")

此代码可以工作，但它使用默认截止值。有人提到这可以通过预测函数实现，但我不知道该怎么做。

Answer 1

您尚未提供可重现的示例，因此这是一个使用虹膜数据集来预测虹膜是否属于 setosa 类型的示例:

dat <- iris
dat$positive <- as.factor(ifelse(dat$Species == "setosa", "s", "ns"))
library(caret)
mod <- train(positive~Sepal.Length, data=dat, method="glm")

要使用 0.5 以外的预测概率的截止值生成混淆矩阵，您可以使用您想要的任何截止值对 predict 函数返回的概率进行阈值处理:

confusionMatrix(table(predict(mod, type="prob")[,"s"] >= 0.25,
                      dat$positive == "s"))
# Confusion Matrix and Statistics
# 
#        
#         FALSE TRUE
#   FALSE    88    3
#   TRUE     12   47
#                                           
#                Accuracy : 0.9             
#                  95% CI : (0.8404, 0.9429)
#     No Information Rate : 0.6667          
#     P-Value [Acc > NIR] : 2.439e-11       
#                                           
#                   Kappa : 0.7847          
#  Mcnemar's Test P-Value : 0.03887         
#                                           
#             Sensitivity : 0.8800          
#             Specificity : 0.9400          
#          Pos Pred Value : 0.9670          
#          Neg Pred Value : 0.7966          
#              Prevalence : 0.6667          
#          Detection Rate : 0.5867          
#    Detection Prevalence : 0.6067          
#       Balanced Accuracy : 0.9100          
#                                           
#        'Positive' Class : FALSE