r - 有人可以解释 R 中 pvclust 函数的输出吗？

Question

在R的pvclust包中，有pvclust()函数。在函数帮助文件中提供的示例中，有以下函数:

boston.pp <- pvpick(boston.pv)

这应该打印出具有高 p 值的簇。该函数的输出是:

$clusters
$clusters[[1]]
[1] "rm"   "medv"

$clusters[[2]]
[1] "zn"  "dis"

$clusters[[3]]
[1] "crim"    "indus"   "nox"     "age"     "rad"     "tax"     "ptratio" "lstat"  


$edges
[1] 3 5 9

我很难理解输出的含义，特别是因为我在聚类分析方面的技术背景非常有限。特别是，我不明白每个簇下的名称向量的含义。有人能为我解释一下吗？谢谢!

Answer 1

https://cran.r-project.org/web/packages/pvclust/pvclust.pdf描述 pvclust:

For data expressed as (n x p) matrix or data frame, we assume that the data is n observations of p objects, which are to be clustered. The i’th row vector corresponds to the i’th observation of these objects and the j’th column vector corresponds to a sample of j’th object with size n

pvpick 的输出:

cluster - a list of character string vectors. Each vector corresponds to the names of objects in each cluster.

您绘制了 pvclust 输出的树状图吗？ pvpick clusters 输出仅列出某个簇中的内部点(pvclust 将 boston 数据集中的每个列 视为一个点)，如果您绘制它，您将在树状图中看到它。