r - R 中的 apcluster : Memory limitation

Question

我正在尝试在 R 中运行聚类练习。我使用的算法是 apcluster() 。我使用的脚本是:

s1        <- negDistMat(df, r=2, method="euclidean")
apcluster <- apcluster(s1)

我的数据集大约有 10 万行。当我运行脚本时，出现以下错误:

Error in simpleDist(x[, sapply(x, is.numeric)], sel, method = method, :
negative length vectors are not allowed

当我在网上搜索时，我发现由于我的RAM的内存限制而出现负长度向量错误。我的问题是是否有任何解决方法可以运行 apcluster()在我的数据集上有 10 万行和可用 RAM，或者我是否缺少运行时需要注意的东西 apcluster在 R 中？

我有一台 8 GB RAM 的机器。

Answer 1

在 apcluster() 方法中实现的亲和性传播的标准版本永远不会在该大小的数据上成功运行。一方面，相似性矩阵(代码示例中的 s1)将具有 100K x 100K = 10G 条目。另一方面，计算时间将会过多。我建议您改用 apclusterL()。