c++ - 嵌套for循环的openmp错误

Question

我在面向对象的 cpp 代码中使用了 Eigen 库。我定义了一个主要对象，2DGF，在它的一些方法中，我使用了 openmp。现在我想在另一种方法中使用 openmp，如下所示:

#pragma omp parallel num_threads(NON) 
   #pragma omp for 
for(unsigned int iE=0;iE<NE;iE++){
   for(unsigned int iK=0;iK<NK;iK++){
      for(unsigned int ii=0; ii<NL ;ii++){
          for(unsigned int jj=0; jj<NL ;jj++){
              if(abs(CoorX[ii]-CoorX[jj])<DiogLim){
                 G.insert(iE*NL+ii,iK*NL+jj)=0;
                 GR.insert(iE*NL+ii,iK*NL+jj)=0;
                 S.insert(iE*NL+ii,iK*NL+jj)=0;   
                 SR.insert(iE*NL+ii,iK*NL+jj)=0;   
              }
          }
       }
    }
}  

其中 G、GR、S 和 SR 是稀疏矩阵。如果不使用 openmp，它可以正常工作。但是当我使用 openmp 时，我收到以下错误:
2DGF: malloc.c:2372: sysmalloc: 断言`(old_top == (((mbinptr) (((char *) &((av)->bins[((1) - 1) * 2])) - __builtin_offsetof (struct malloc_chunk, fd)))) && old_size == 0) || ((unsigned long) (old_size) >= (unsigned long)((((__builtin_offsetof (struct malloc_chunk, fd_nextsize))+((2 *(sizeof(size_t))) - 1)) & ~((2 *(sizeof (size_t))) - 1))) && ((old_top)->size & 0x1) && ((unsigned long) old_end & pagemask) == 0)' 失败。
中止(核心转储)

有人可以帮我解决吗？

Answer 1

我对 Eigen 了解不多。但我在他们的 documentation 中读了一点关于 SparseMatrix 的方法 insert() 它说它是 reserving room 用于其他插入。您是否为所有插入物预留了足够的空间？

如果不是，则可能是以下代码中存在的同一个错误。

#include <iostream>
#include <vector>
#include <omp.h>

int main()
{
    std::vector< int > vInts;

#pragma omp parallel for
    for (int i = 0; i < 1000; i++) {
        vInts.push_back( i );
    }

    return 0;
}

这也可能以段错误结束。原因是 vector 被重新定位到不同的内存区域。这可以通过为 vector 保留足够的内存来避免。在这种情况下 vInts.reserve(1000)。

SparseMatrix 还提供了一种保留方法。试试这个，至少将其排除为可能的错误。

编辑:这是带有 for 循环的代码和最内层循环中的简单赋值。该程序使用 g++ -fopenmp -Wall -Werror main.cpp 编译，没有错误或警告。程序正常执行，输出 i=99。

#include <iostream>
#include <omp.h>
#include <vector>

#define NON 3

int main()
{
    int i = 0;

    unsigned int NE = 100;
    unsigned int NK = 100;
    unsigned int NL = 100;

#pragma omp parallel num_threads(NON) 
        #pragma omp for 
    for(unsigned int iE=0;iE<NE;iE++){
       for(unsigned int iK=0;iK<NK;iK++){
          for(unsigned int ii=0; ii<NL ;ii++){
              for(unsigned int jj=0; jj<NL ;jj++){
                  i = jj;
              }
           }
        }
    } 

return 0;
}