c++ - 如何忽略无序映射/映射中的单个字符串值？

Question

我有一个程序接收 DNA 字符串的文本文件，将它们拆分为 kmer 子字符串并计算唯一子字符串弹出的次数。我唯一的问题是让它识别字符串值“N”并在文件中忽略它......例如像这样的文本文件:

3 3

ACNTG

动图

动图

会将 dna 序列分成 3 个 kmers，因此是第一个整数。问题是我想忽略 N 并继续前进，而不将 N 包含在唯一字符串值中。所以输出将是...

ACT、CTG、TGA...等等，忽略N值。这是我的代码部分，我认为该部分应该包含在:

    #include <fstream>
    #include <iostream>
    #include <string>
    #include <unordered_map>

       std::string kmer = "";

     std::unordered_map<std::string, int  > dna;
       for(int i = 0; i< s.length() ; ++i){
        int z= 0;
        kmer = s.substr(z,k);
        ++z;

        if (kmer.length() != k){
                    break;
              }

//DONT UNDERSTAND WHY THIS WOULDNT WORK
       if(!dna.find("N")) !=std::string::npos)){
        dna[kmer]++;
         }

     }



          for (std::unordered_map<std::string,int>::iterator it=dna.begin(); it!=dna.end(); ++it){


            std::cout << it->first << " " << it->second << std::endl;
        }



  f.close();
  return 0;
}

Answer 1

看来你的行有误

if(!dna.find("N")) !=std::string::npos)){

你可能是故意的

if(kmer.find('N') !=std::string::npos){

• 后一个(我认为是您的意思)使用 std::string::find 检查字符 'N' 在字符串 kmer 中的位置。这具有逻辑意义(您正在检查 kmer 是否包含错误的 N)，并且返回值确实可以与 std::string::npos 进行比较。

• 前一个(除了 Ap31 注意到的一个额外的 ! 拼写错误)，检查字符串 "N" 的位置在 unordered_map 中使用 std::unordered_map 。这没有逻辑意义(您可能没有使用 1-mers)，并且返回值不能与 std::string::npos 进行比较。