c++ - R dyn.load "Symbol not found"错误，即使 C++ 代码构建良好

Question

我有一个简单的 C++ 程序，我可以使用 clang++ 成功构建它在我的 Mac (Mavericks) 上，但在使用 R CMD SHLIB 构建时失败了并加载了 dyn.load在 R 中。

这是使用 Gurobi 优化器的 C++ 代码(存储在 simple.cpp 中):

#include "gurobi_c++.h"
#include <iostream>

void fxn() {
  GRBEnv env = GRBEnv();  // Create a Gurobi environment
  GRBModel colgen = GRBModel(env);  // Create empty model object
  colgen.addVar(0, 1, 0.0, GRB_BINARY);  // Add binary variable to model
  std::cout << "Hello world" << std::endl;
}

int main(int argc, char **argv) {
  fxn();
  return 0;
}

我可以使用 clang++ 成功编译和运行这段代码，链接到 Gurobi 库:

$ clang++ simple.cpp -I/Library/gurobi562/mac64/include \
  -L/Library/gurobi562/mac64/lib -lgurobi_c++ -lgurobi56 -stdlib=libstdc++ \
  -lpthread -lm
$ ./a.out
Hello world

我能够通过 R CMD SHLIB 成功编译:

$ MAKEFLAGS="PKG_CXXFLAGS=-I/Library/gurobi562/mac64/include" R CMD SHLIB \
  simple.cpp -L/Library/gurobi562/mac64/lib -lgurobi_c++ -lgurobi56 \
  -stdlib=libstdc++ -lpthread -lm
clang++ -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG \
  -I/usr/local/include   -I/Library/gurobi562/mac64/include -fPIC  -mtune=core2 \
  -g -O2  -c simple.cpp -o simple.o
clang++ -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup \
  -single_module -multiply_defined suppress -L/usr/local/lib -L/usr/local/lib \
  -o simple.so simple.o -L/Library/gurobi562/mac64/lib -lgurobi_c++ -lgurobi56 \
  -stdlib=libstdc++ -lpthread -lm -F/Library/Frameworks/R.framework/.. \
  -framework R -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation

然而，dyn.load("simple.so")在 R 中失败:

Error in dyn.load("simple.so") : 
  unable to load shared object '[path]/simple.so':
  dlopen([path]/simple.so, 6): Symbol not found: __ZN8GRBModel6addVarEdddcNSt3__112basic_stringIcNS0_11char_traitsIcEENS0_9allocatorIcEEEE
  Referenced from: [path]/simple.so
  Expected in: flat namespace
 in [path]/simple.so

来自 c++filt ，我可以看到缺少的符号是 GRBModel::addVar(double, double, double, char, std::__1::basic_string<char, std::__1::char_traits<char>, std::__1::allocator<char> >) ，它应该由我正在链接的 Gurobi 库之一提供。

从以前的帖子中，我了解到这些“找不到符号”错误通常是由于没有链接正确的库而发生的，但我已经能够成功编译和运行 simple.cpp我将相同的链接选项传递给 R CMD SHLIB .

以下是我的~/.R/Makevars的内容文件:

CC=clang
CXX=clang++

编辑 我认为问题可能与选项 -stdlib=libstdc++ 有关我在编译代码时使用的。当我从第一个构建(clang++ 的工作调用)中删除此选项时，我得到的第一个链接器错误是:

Undefined symbols for architecture x86_64:
  "GRBModel::addVar(double, double, double, char, std::__1::basic_string<char, std::__1::char_traits<char>, std::__1::allocator<char> >)", referenced from:
      _fxn in simple-pRHAEs.o

这与导致 dyn.load 的 undefined symbol 相同失败。

Answer 1

我解决了这个问题，结果证明它与我如何向 R CMD SHLIB 提供参数 -stdlib=libstdc++ 有关。 R CMD SHLIB 调用 clang++ 两次，首先作为构建目标文件(在我的例子中为 simple.o)的编译阶段，然后链接将该文件放入共享对象(在我的例子中为 simple.so)。 R CMD SHLIB 仅将 -stdlib=libstdc++ 参数传递给第二次调用，但我们还需要它向 clang++< 的第一次调用提供参数。我们可以通过将 -stdlib=libstdc++ 添加到 PKG_CXXFLAGS 来做到这一点:

$ PKG_CXXFLAGS="-I/Library/gurobi562/mac64/include -stdlib=libstdc++" R CMD SHLIB \
  simple.cpp -L/Library/gurobi562/mac64/lib -lgurobi_c++ -lgurobi56 \
  -stdlib=libstdc++ -lpthread -lm
clang++ -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  \
  -I/usr/local/include   -I/Library/gurobi562/mac64/include -stdlib=libstdc++ \
  -fPIC  -mtune=core2 -g -O2  -c simple.cpp -o simple.o
clang++ -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup \
  -single_module -multiply_defined suppress -L/usr/local/lib -L/usr/local/lib \
  -o simple.so simple.o -L/Library/gurobi562/mac64/lib -lgurobi_c++ -lgurobi56 \
  -stdlib=libstdc++ -lpthread -lm -F/Library/Frameworks/R.framework/.. \
  -framework R -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation

现在，dyn.load("simple.so") 可以在 R 中正常运行(尽管正如@MartinMorgan 和@JanvanderLaan 所提到的，我需要使用 公开我的函数extern "C" 或实际能够从 R 中调用它们的替代方法)。