c++ - HDF5挂载文件(带H5Fmount)

Question

我尝试将具有相同结构的不同文件挂载到一个新文件(在 C++ 中)。因此，我创建了一个新文件“new.h5”，并在其中创建了一个新组“/G”。现有的两个文件(“file1.h5”和“file2.h5”)在根组“/”中有一些属性，然后是路径“dataset1/data1/data”，其中“dataset1/data1”包含一些属性和“数据”-其中包含数字数据的路径。

 /dataset1
 /attribute1
 /attribute2
  /data1
   /data
   /attribute1
   /attribute2

在新文件中我想要一个结构:

/G
 /dataset1
 /attribute1
 /attribute2
  /data1
   /data
   /attribute1
   /attribute2
 /dataset2
 /attribute1
 /attribute2
  /data1
   /data
   /attribute1
   /attribute2

我这样试过:

#include "hdf5.h"
#ifdef OLD_HEADER_FILENAME
#include <iostream.h>
#else
#include <iostream>
#endif
#include <string>
#ifndef H5_NO_NAMESPACE
#ifndef H5_NO_STD
using std::cout;
using std::endl;
#endif // H5_NO_STD
#endif
#include "H5Cpp.h"
#ifndef H5_NO_NAMESPACE
using namespace H5;
#endif

#define FILE_NAME_1 "file1.h5"
#define FILE_NAME_2 "file2.h5"
#define FILE_NAME_ALL "new.h5"

int main(void)
{

   hid_t fid1, fid2, fid3, gid;  /* Files and group identifiers */

   fid1 = H5Fopen(FILE_NAME_1, H5F_ACC_RDWR, H5P_DEFAULT);
   fid2 = H5Fopen(FILE_NAME_2, H5F_ACC_RDWR, H5P_DEFAULT);
   fid3 = H5Fcreate(FILE_NAME_ALL, H5F_ACC_TRUNC, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);

   gid = H5Gcreate2(fid3, "/G", H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
   H5Gclose(gid);

   /*
    * Mount second file under G in the first file.
    */
   H5Fmount(fid3, "/G", fid1, H5P_DEFAULT);
   H5Fmount(fid3, "/G", fid2, H5P_DEFAULT);

   H5Fclose(fid1);
   H5Fclose(fid2);
   H5Fclose(fid3);

   return 0;
}

当我使用 h5dump 查看 new.h5 时，我得到:

h5dump new.h5
HDF5 "new.h5" {
GROUP "/" {
   GROUP "G" {
   }
}
}

所以我创建了 G 组，但是里面没有文件？!出了什么问题？

是否可以在挂载文件时将第二个文件中的“dataset1”重命名为“dataset2”，还是我必须先这样做？

谢谢!

编辑:

我可能发现了一个问题:我想从根组挂载文件。我的意思是:我想要一个包含其他两个文件的所有内容的公共(public)文件。这使得很难找到安装点。它不能是根目录，但现有文件中没有名为“/G”的组。我该如何解决这个问题？

Answer 1

这是正确的行为。使用 H5Fmount 只会将文件挂载到内存中的那个位置。因此，当您关闭文件并退出程序时，新文件 (new.h5) 不会(也不会)显示已安装文件的内容。

如果您想要这种行为，请使用 H5Lcreate_external创建外部链接。

我已将您的代码更改为 C(不是 C++ - 抱歉，但思路是一样的):

#include <stdlib.h>
#include <stdio.h>
#include <hdf5.h>

#define FILE_NAME_1 "file1.h5"
#define FILE_NAME_2 "file2.h5"
#define FILE_NAME_ALL "new.h5"

int main(void)
{

   hid_t fid1;  /* Files identifier */

   fid1 = H5Fcreate(FILE_NAME_ALL, H5F_ACC_TRUNC, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);

   /*
    * Link "file1.h5" to group F1
    */
   H5Lcreate_external(FILE_NAME_1, "/", fid1, "/F1", H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);

   /*
    * Link "file2.h5" to group F2
    */
   H5Lcreate_external(FILE_NAME_2, "/", fid1, "/F2", H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);

   H5Fclose(fid1);

   return 0;
}

其中 file1.h5 和 file2.h5 的内容对于测试用例是相同的:

h5dump file1.h5
HDF5 "file1.h5" {
GROUP "/" {
   DATASET "D" {
      DATATYPE  H5T_STD_I32LE
      DATASPACE  SIMPLE { ( 4, 5 ) / ( 4, 5 ) }
      DATA {
      (0,0): 0, 1, 2, 3, 4,
      (1,0): 1, 2, 3, 4, 5,
      (2,0): 2, 3, 4, 5, 6,
      (3,0): 3, 4, 5, 6, 7
      }
   }
}
}

然后如果我们编译并运行测试程序:

h5cc -o test test.c && ./test

最后转储新文件:

h5dump new.h5
HDF5 "new.h5" {
GROUP "/" {
   EXTERNAL_LINK "F1" {
      TARGETFILE "file1.h5"
      TARGETPATH "/"
         GROUP "/" {
            DATASET "D" {
               DATATYPE  H5T_STD_I32LE
               DATASPACE  SIMPLE { ( 4, 5 ) / ( 4, 5 ) }
               DATA {
               (0,0): 0, 1, 2, 3, 4,
               (1,0): 1, 2, 3, 4, 5,
               (2,0): 2, 3, 4, 5, 6,
               (3,0): 3, 4, 5, 6, 7
               }
            }
         }
   }
   EXTERNAL_LINK "F2" {
      TARGETFILE "file2.h5"
      TARGETPATH "/"
         GROUP "/" {
            DATASET "D" {
               DATATYPE  H5T_STD_I32LE
               DATASPACE  SIMPLE { ( 4, 5 ) / ( 4, 5 ) }
               DATA {
               (0,0): 0, 1, 2, 3, 4,
               (1,0): 1, 2, 3, 4, 5,
               (2,0): 2, 3, 4, 5, 6,
               (3,0): 3, 4, 5, 6, 7
               }
            }
         }
   }
}
}