python - 命令在终端或程序(Python 和 C++)中给出不同的行为

Question

我正在尝试以编程方式执行以下命令:

~$ obabel -:"ccco" -O /home/user/output.png

obabel是一个化学库，基本上如果“”里面的字符串完全是化学上的废话，就不能生成PNG文件，如果是合法的化学结构，就会生成PNG文件。这适用于终端。

但是，如果我使用 Python 调用相同的命令，则会为完全无意义的输入字符串生成 PNG 文件，这些输入字符串在终端中执行命令时不会生成 PNG。

我正在使用这样的子流程:

cmd = 'obabel -:"ccco" -O /home/user/output.png'
proc = sub.Popen([cmd], shell=True, stderr=sub.PIPE)
res = proc.communicate()

我也试过这个:

os.system(cmd)

并尝试了 Python2 和 Python3。从终端或 iPython 运行脚本时会发生这种情况。

我也尝试过使用 C++ 并像这样运行 cmd:

std::string cmd = "obabel -:\"ccco\" -O /home/user/output.png";
system(cmd.c_str());

Answer 1

默认情况下 Popen 需要一个字符串参数列表，但是如果您传递 shell=True，您可以将命令作为一个简单的字符串提供(它将在如 hell )。目前，您传递的是一个列表，其中包含一个包含整个命令的字符串，您可以使用以下任一方法:

proc = subprocess.Popen('obabel -:"ccco" -O output.png', shell=True, stderr=subprocess.PIPE)
proc = subprocess.Popen(['obabel', '-:ccco', '-O', 'output.png'], stderr=subprocess.PIPE)

用引号转义 SMILES 字符串似乎是为了保护它不受 shell 的影响，直接传递输入时不需要它(否则 " 字符将成为字符串并导致语法无效)。