java - 在Java中表示通用字符

Question

我正在编写一个应用程序，用于搜索长序列中的特定碱基对集。如果我有这样的碱基对序列:

A T G C A T G A C G T A A G C T

我需要在其中搜索一组不明确的字符。

要找到的序列必须匹配

n C G n A A

格式，其中“n”代表任意字符。因此，它会搜索文档以找到它所在的任何位置

[any character] [C] [G] [any character] [A] [A]

它会返回

A T G C A T G [A C G T A A] G C T

有没有办法在Java中表示“n”？

Answer 1

这个怎么样？正如 Codebender 所说，正则表达式非常适合这项工作:

public void matchBasePairSequence(String line){
    // Construct regex
    Pattern digitsPattern = Pattern.compile(".CG.AA");
    Matcher m = digitsPattern.matcher(line);

    while (m.find()){
        System.out.println(m.group());
    }
}