java - 最近更新了R/RStudio，rJava无法加载。

Question

我最近将 R 更新到 3.4，将 RStudio 更新到 RStudio v1.0.143 预览版，以便它与 R 的图像更新和绘图兼容，但现在我在尝试加载 rJava 或需要的包时遇到了问题它。如下:

Loading required package: rJava
Error: package or namespace load failed for ‘rJava’:
 .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
 call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  error: unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so': dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so, 6): Library not loaded: @rpath/libjvm.dylib
Referenced from: 
 /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so
  Reason: image not found
Error: package ‘rJava’ could not be loaded

我目前运行的是 MacOSX 10.12.4 Sierra

非常感谢任何有关如何解决此问题的帮助。

Answer 1

正如 @mko 已经指出的那样，macOS/R/rJava 的混合很困惑，尽管它非常有用。我在每个版本的几个版本中都一直在争论这个问题，无论你多么小心，它似乎都会定期再次出现。也就是说，有很多事情需要牢记:

• 您需要安装 JDK，而不仅仅是 JRE。
• 如果不使用已弃用的 Apple 版本的 Java 1.6，R 的 javareconf 脚本将无法正确处理 libjvm.dylib 的位置。
• 最好使用最新的 JDK 版本，以便从最新的安全增强功能中受益。
• 升级到新的 Java 版本后，R 的 javareconf 脚本无法正确重新配置 R；它需要重新安装 R 才能正确执行。

因此，请记住这些:

• 安装/更新 JDK。
• 最好为您计划使用的任何 JDK 安装正确设置 JAVA_HOME(通常在 ~/.bashrc 或 ~/.bash_profile 中) em>)。
• 如果尚未安装 XQuartz，请安装(如 @mko 提到的)。
• (重新)安装 R(以允许针对新 Java 安装进行正确的 R 配置。
• 使用自定义参数运行 javareconf 脚本，以使其针对现代 JDK 进行配置。
• 将 Java 运行时链接到 R 的库文件夹即可找到它。

对 javareconf 的自定义调用只需在终端上执行几行:首先，确保JAVA_HOME已按要求设置:

# Make sure JAVA_HOME is set as required.
export JAVA_HOME=${JAVA_HOME:-$(/usr/libexec/java_home)}
# Obtain location of Java runtime library.
export LIBJVM=$(find "${JAVA_HOME}" -name 'libjvm.dylib')
# Reconfigure R using custom call to javareconf script.
R CMD javareconf JAVA_LIBS="${LIBJVM}" JAVA_LD_LIBRARY_PATH="${LIBJVM}" JAVA_CPPFLAGS="'-I${JAVA_HOME}/include -I${JAVA_HOME}/include/darwin -I$(dirname "${LIBJVM}")'"
# Link Java runtime to R library folder so it can be found.
ln -fs "$LIBJVM" /Library/Frameworks/R.framework/Libraries

现在您应该能够启动 R 并安装 rJava。

如果您使用的是 R 的 Homebrew 安装(需要使用 --with-java 选项进行安装)，请使用此行来链接 Java 运行时:

ln -fs "$LIBJVM" "$(brew --prefix r)/lib"

该过程需要 macOS 上的管理员权限(除非通过 Homebrew 安装 R)。 R 包安装程序为各种文件提供了管理员权限，因此幸运的是不需要 sudo 。作为引用，我最近还写了一篇简短的article关于这个问题。