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我最近将 R 更新到 3.4,将 RStudio 更新到 RStudio v1.0.143 预览版,以便它与 R 的图像更新和绘图兼容,但现在我在尝试加载 rJava 或需要的包时遇到了问题它。如下:
Loading required package: rJava
Error: package or namespace load failed for ‘rJava’:
.onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
error: unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so': dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so, 6): Library not loaded: @rpath/libjvm.dylib
Referenced from:
/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so
Reason: image not found
Error: package ‘rJava’ could not be loaded
我目前运行的是 MacOSX 10.12.4 Sierra
非常感谢任何有关如何解决此问题的帮助。
最佳答案
正如 @mko 已经指出的那样,macOS/R/rJava 的混合很困惑,尽管它非常有用。我在每个版本的几个版本中都一直在争论这个问题,无论你多么小心,它似乎都会定期再次出现。也就是说,有很多事情需要牢记:
libjvm.dylib
的位置。javareconf
脚本无法正确重新配置 R;它需要重新安装 R 才能正确执行。因此,请记住这些:
JAVA_HOME
(通常在 ~/.bashrc 或 ~/.bash_profile 中) em>)。javareconf
脚本,以使其针对现代 JDK 进行配置。对 javareconf 的自定义调用只需在终端上执行几行:首先,确保JAVA_HOME已按要求设置:
# Make sure JAVA_HOME is set as required.
export JAVA_HOME=${JAVA_HOME:-$(/usr/libexec/java_home)}
# Obtain location of Java runtime library.
export LIBJVM=$(find "${JAVA_HOME}" -name 'libjvm.dylib')
# Reconfigure R using custom call to javareconf script.
R CMD javareconf JAVA_LIBS="${LIBJVM}" JAVA_LD_LIBRARY_PATH="${LIBJVM}" JAVA_CPPFLAGS="'-I${JAVA_HOME}/include -I${JAVA_HOME}/include/darwin -I$(dirname "${LIBJVM}")'"
# Link Java runtime to R library folder so it can be found.
ln -fs "$LIBJVM" /Library/Frameworks/R.framework/Libraries
现在您应该能够启动 R 并安装 rJava。
如果您使用的是 R 的 Homebrew 安装(需要使用 --with-java
选项进行安装),请使用此行来链接 Java 运行时:
ln -fs "$LIBJVM" "$(brew --prefix r)/lib"
该过程需要 macOS 上的管理员权限(除非通过 Homebrew 安装 R)。 R 包安装程序为各种文件提供了管理员权限,因此幸运的是不需要 sudo 。作为引用,我最近还写了一篇简短的article关于这个问题。
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