- html - 出于某种原因,IE8 对我的 Sass 文件中继承的 html5 CSS 不友好?
- JMeter 在响应断言中使用 span 标签的问题
- html - 在 :hover and :active? 上具有不同效果的 CSS 动画
- html - 相对于居中的 html 内容固定的 CSS 重复背景?
我正在尝试访问java程序MELTING 5在 R 中使用 rjava 包。
我可以使用system
函数使用批处理文件来完成此操作,如下所示。
path <- "path/to/melting.bat"
sequence = "GTCGTATCCAGTGCAGGGTCCGAGGTATTCGCACTGGATACGACTTCCAC"
hybridisation.type = "dnadna"
OligomerConc = 5e-8
Sodium = 0.05
command=paste("-S", sequence,
"-H", hybridisation.type,
"-P", OligomerConc,
"-E", paste("Na=", Sodium, sep = ""))
system(paste("melting.bat", command))
我正在尝试使用包装器执行相同的操作,按照 hellowjavaworld 中的步骤进行操作。没有任何成功。
.jaddClassPath('path/to/melting5.jar')
main <- .jnew("melting/Main")
out <- .jcall(obj = main, returnSig = "V", method = "main", .jarray(list(), "java/lang/String"),
argument = command)
我尝试访问的melting5.jar
中melting/Main.java中的java代码如下。
package melting;
import java.text.NumberFormat;
import melting.configuration.OptionManagement;
import melting.configuration.RegisterMethods;
import melting.methodInterfaces.MeltingComputationMethod;
import melting.nearestNeighborModel.NearestNeighborMode;
/**
* The Melting main class which contains the public static void main(String[] args) method.
*/
public class Main {
// private static methods
/**
* Compute the entropy, enthalpy and the melting temperature and display the results.
* @param args : contains the options entered by the user.
* @param OptionManagement optionManager : the OptionManegement which allows to manage
* the different options entered by the user.
*/
private static ThermoResult runMelting(String [] args, OptionManagement optionManager){
try {
ThermoResult results =
getMeltingResults(args, optionManager);
displaysMeltingResults(results);
return results;
} catch (Exception e) {
OptionManagement.logError(e.getMessage());
return null;
}
}
/**
* Compute the entropy, enthalpy and melting temperature, and return
* these results.
* @param args options (entered by the user) that determine the
* sequence, hybridization type and other features of the
* environment.
* @param optionManager the {@link
* melting.configuration.OptionManagement
* <code>OptionManagement</code>} which
* allows the program to manage the different
* options entered by the user.
* @return The results of the Melting computation.
*/
public static ThermoResult getMeltingResults(String[] args,
OptionManagement optionManager)
{
NumberFormat format = NumberFormat.getInstance();
format.setMaximumFractionDigits(2);
// Set up the environment from the supplied arguments and get the
// results.
Environment environment = optionManager.createEnvironment(args);
RegisterMethods register = new RegisterMethods();
MeltingComputationMethod calculMethod =
register.getMeltingComputationMethod(environment.getOptions());
ThermoResult results = calculMethod.computesThermodynamics();
results.setCalculMethod(calculMethod);
environment.setResult(results);
// Apply corrections to the results.
results = calculMethod.getRegister().
computeOtherMeltingCorrections(environment);
environment.setResult(results);
return environment.getResult();
}
/**
* displays the results of Melting : the computed enthalpy and entropy (in cal/mol and J/mol), and the computed
* melting temperature (in degrees).
* @param results : the ThermoResult containing the computed enthalpy, entropy and
* melting temperature
* @param MeltingComputationMethod calculMethod : the melting computation method (Approximative or nearest neighbor computation)
*/
private static void displaysMeltingResults(ThermoResult results)
{
NumberFormat format = NumberFormat.getInstance();
format.setMaximumFractionDigits(2);
MeltingComputationMethod calculMethod =
results.getCalculMethod();
double enthalpy = results.getEnthalpy();
double entropy = results.getEntropy();
OptionManagement.logInfo("\n The MELTING results are : ");
if (calculMethod instanceof NearestNeighborMode){
OptionManagement.logInfo("Enthalpy : " + format.format(enthalpy) + " cal/mol ( " + format.format(results.getEnergyValueInJ(enthalpy)) + " J /mol)");
OptionManagement.logInfo("Entropy : " + format.format(entropy) + " cal/mol-K ( " + format.format(results.getEnergyValueInJ(entropy)) + " J /mol-K)");
}
OptionManagement.logInfo("Melting temperature : " + format.format(results.getTm()) + " degrees C.\n");
}
// public static main method
/**
* @param args : contains the options entered by the user.
*/
public static void main(String[] args) {
OptionManagement optionManager = new OptionManagement();
if (args.length == 0){
optionManager.initialiseLogger();
optionManager.readMeltingHelp();
}
else if (optionManager.isMeltingInformationOption(args)){
try {
optionManager.readOptions(args);
} catch (Exception e) {
OptionManagement.logError(e.getMessage());
}
}
else {
runMelting(args, optionManager);
}
}
}
如何将command
中的参数传递给java jar中的public static void main
?
最佳答案
在 https://github.com/hrbrmstr/melting5jars 上,我为 MELTING 5 jar (melting5.jar
) 制作了一个 pkg 包装器,并将 Data/
目录放入其中,这样您就不需要处理 jar 文件管理。它可以通过 devtools::install_github("hrbrmstr/melting5jars")
,
在加载该库之前,您需要设置NN_PATH
,因为Data/
目录不是jar默认的位置,您可能会遇到之后设置它的问题(YMMV)。
注意:我不使用此 Java 库,也不属于您的领域,因此请使用您习惯运行的命令行仔细检查结果!
因此,要使其发挥作用,首先要做的事情是:
Sys.setenv("NN_PATH"=system.file("extdata", "Data", package="melting5jars"))
library(melting5jars) # devtools::install_github("hrbrmstr/melting5jars")
现在,rJava
最酷的部分之一是,如果您想使用 Java(代码),您可以使用 R(代码)工作。我们可以在 R 中重新创建该 Main
类的核心部分。
首先,像 Java 代码一样获取一个新的 melting.Main
对象和一个新的 OptionManagement
对象:
melting <- new(J("melting.Main"))
optionManager <- new(J("melting.configuration.OptionManagement"))
接下来,我们设置您的选项。我保留了 Sodium
只是为了确保我没有搞砸任何事情。
Sodium <- 0.05
opts <- c(
"-S", "GTCGTATCCAGTGCAGGGTCCGAGGTATTCGCACTGGATACGACTTCCAC",
"-H", "dnadna",
"-P", 5e-8,
"-E", paste("Na=", Sodium, sep = "")
)
现在,我们可以直接从 Main
类调用 getMeltingResults()
:
results <- melting$getMeltingResults(opts, optionManager)
然后对这些结果执行相同的调用:
calculMethod <- results$getCalculMethod()
enthalpy <- results$getEnthalpy()
entropy <- results$getEntropy()
if (.jinstanceof(calculMethod, J("melting.nearestNeighborModel.NearestNeighborMode"))) {
enthalpy <- results$getEnergyValueInJ(enthalpy)
entropy <- results$getEnergyValueInJ(entropy)
}
melting_temperature <- results$getTm()
enthalpy
## [1] -1705440
entropy
## [1] -4566.232
melting_temperature
## [1] 72.04301
我们可以将所有这些包装到一个函数中,以便将来更容易调用:
get_melting_results <- function(opts = c()) {
stopifnot(length(opts) > 2) # a sanity check that could be improved
Sys.setenv("NN_PATH"=system.file("extdata", "Data", package="melting5jars"))
require(melting5jars)
melting <- new(J("melting.Main"))
optionManager <- new(J("melting.configuration.OptionManagement"))
results <- melting$getMeltingResults(opts, optionManager)
calculMethod <- results$getCalculMethod()
enthalpy_cal <- results$getEnthalpy()
entropy_cal <- results$getEntropy()
enthalpy_J <- entropy_J <- NULL
if (.jinstanceof(calculMethod, J("melting.nearestNeighborModel.NearestNeighborMode"))) {
enthalpy_J <- results$getEnergyValueInJ(enthalpy_cal)
entropy_J <- results$getEnergyValueInJ(entropy_cal)
}
melting_temp_C <- results$getTm()
list(
enthalpy_cal = enthalpy_cal,
entropy_cal = entropy_cal,
enthalpy_J = enthalpy_J,
entropy_J = entropy_J,
melting_temp_C = melting_temp_C
) -> out
class(out) <- c("melting_res")
out
}
根据方法结果,还有单独的焓和熵值。
我们还可以创建一个打印辅助函数,因为我们对返回的 list()
进行了分类:
print.melting_res <- function(x, ...) {
cat(
"The MELTING results are:\n\n",
" - Enthalpy: ", prettyNum(x$enthalpy_cal), " cal/mol",
{if (!is.null(x$enthalpy_J)) paste0(" (", prettyNum(x$enthalpy_J), " J /mol)", collapse="") else ""}, "\n",
" - Entropy: ", prettyNum(x$entropy_cal), " cal/mol-K",
{if (!is.null(x$entropy_J)) paste0(" (", prettyNum(x$entropy_J), " J /mol-K)", collapse="") else ""}, "\n",
" - Meltng temperature: ", prettyNum(x$melting_temp_C), " degress C\n",
sep=""
)
}
(我假设您习惯于查看 MELTING 5 命令行输出)
最后,重新运行计算:
Sodium <- 0.05
opts <- c(
"-S", "GTCGTATCCAGTGCAGGGTCCGAGGTATTCGCACTGGATACGACTTCCAC",
"-H", "dnadna",
"-P", 5e-8,
"-E", paste("Na=", Sodium, sep = "")
)
res <- get_melting_results(opts)
res
## The MELTING results are:
##
## - Enthalpy: -408000 cal/mol (-1705440 J /mol)
## - Entropy: -1092.4 cal/mol-K (-4566.232 J /mol-K)
## - Meltng temperature: 72.04301 degress C
str(res)
## List of 5
## $ enthalpy_cal : num -408000
## $ entropy_cal : num -1092
## $ enthalpy_J : num -1705440
## $ entropy_J : num -4566
## $ melting_temp_C: num 72
## - attr(*, "class")= chr "melting_res"
您应该能够使用上述方法将其他组件(如果有)包装在 MELTING 库中。
关于java - 使用 rjava 在 jar 中对 java 方法进行 R 包装,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/48128038/
我正在编写一个具有以下签名的 Java 方法。 void Logger(Method method, Object[] args); 如果一个方法(例如 ABC() )调用此方法 Logger,它应该
我是 Java 新手。 我的问题是我的 Java 程序找不到我试图用作的图像文件一个 JButton。 (目前这段代码什么也没做,因为我只是得到了想要的外观第一的)。这是我的主课 代码: packag
好的,今天我在接受采访,我已经编写 Java 代码多年了。采访中说“Java 垃圾收集是一个棘手的问题,我有几个 friend 一直在努力弄清楚。你在这方面做得怎么样?”。她是想骗我吗?还是我的一生都
我的 friend 给了我一个谜语让我解开。它是这样的: There are 100 people. Each one of them, in his turn, does the following
如果我将使用 Java 5 代码的应用程序编译成字节码,生成的 .class 文件是否能够在 Java 1.4 下运行? 如果后者可以工作并且我正在尝试在我的 Java 1.4 应用程序中使用 Jav
有关于why Java doesn't support unsigned types的问题以及一些关于处理无符号类型的问题。我做了一些搜索,似乎 Scala 也不支持无符号数据类型。限制是Java和S
我只是想知道在一个 java 版本中生成的字节码是否可以在其他 java 版本上运行 最佳答案 通常,字节码无需修改即可在 较新 版本的 Java 上运行。它不会在旧版本上运行,除非您使用特殊参数 (
我有一个关于在命令提示符下执行 java 程序的基本问题。 在某些机器上我们需要指定 -cp 。 (类路径)同时执行java程序 (test为java文件名与.class文件存在于同一目录下) jav
我已经阅读 StackOverflow 有一段时间了,现在我才鼓起勇气提出问题。我今年 20 岁,目前在我的家乡(罗马尼亚克卢日-纳波卡)就读 IT 大学。足以介绍:D。 基本上,我有一家提供簿记应用
我有 public JSONObject parseXML(String xml) { JSONObject jsonObject = XML.toJSONObject(xml); r
我已经在 Java 中实现了带有动态类型的简单解释语言。不幸的是我遇到了以下问题。测试时如下代码: def main() { def ks = Map[[1, 2]].keySet()
一直提示输入 1 到 10 的数字 - 结果应将 st、rd、th 和 nd 添加到数字中。编写一个程序,提示用户输入 1 到 10 之间的任意整数,然后以序数形式显示该整数并附加后缀。 public
我有这个 DownloadFile.java 并按预期下载该文件: import java.io.*; import java.net.URL; public class DownloadFile {
我想在 GUI 上添加延迟。我放置了 2 个 for 循环,然后重新绘制了一个标签,但这 2 个 for 循环一个接一个地执行,并且标签被重新绘制到最后一个。 我能做什么? for(int i=0;
我正在对对象 Student 的列表项进行一些测试,但是我更喜欢在 java 类对象中创建硬编码列表,然后从那里提取数据,而不是连接到数据库并在结果集中选择记录。然而,自从我这样做以来已经很长时间了,
我知道对象创建分为三个部分: 声明 实例化 初始化 classA{} classB extends classA{} classA obj = new classB(1,1); 实例化 它必须使用
我有兴趣使用 GPRS 构建车辆跟踪系统。但是,我有一些问题要问以前做过此操作的人: GPRS 是最好的技术吗?人们意识到任何问题吗? 我计划使用 Java/Java EE - 有更好的技术吗? 如果
我可以通过递归方法反转数组,例如:数组={1,2,3,4,5} 数组结果={5,4,3,2,1}但我的结果是相同的数组,我不知道为什么,请帮助我。 public class Recursion { p
有这样的标准方式吗? 包括 Java源代码-测试代码- Ant 或 Maven联合单元持续集成(可能是巡航控制)ClearCase 版本控制工具部署到应用服务器 最后我希望有一个自动构建和集成环境。
我什至不知道这是否可能,我非常怀疑它是否可能,但如果可以,您能告诉我怎么做吗?我只是想知道如何从打印机打印一些文本。 有什么想法吗? 最佳答案 这里有更简单的事情。 import javax.swin
我是一名优秀的程序员,十分优秀!