c++ - 调试可能的 Rcpp 内存泄漏时遇到问题

Question

我正在使用名为 RcppCoDA 的 RcppEigen 编写一个 R 包

我认为我的项目中某处可能存在内存泄漏，但我不确定。不幸的是，我在运行 Valgrind 时遇到了问题，因为它似乎不支持 OS X Mojave，而且我遇到了详细的错误 here .

我认为重现错误应该很容易:

library(RcppCoDA) # devtools::install_github("jsilve24/RcppCoDA")
library(microbenchmark)

d <- c(100,1000)
X <- matrix(abs(rnorm(prod(d))), d[1], d[2])
X <- clo(X)

# This runs fine
z <- RcppCoDA::alr(X, d=4)

# This for some reason takes forever to run... I think this might be a bug
for (i in 1:1000){
  z <- RcppCoDA::alr(X, d=4)  
}


# This causes RStudio to crash... or takes forever to run...
microbenchmark(
  RcppCoDA::alr(X, d=4), times=10
)

我一遍又一遍地重读代码，但不明白我怎么会出现内存错误，除非我只是以某种方式滥用 Rcpp...不幸的是，因为我似乎无法让 Valgrind 工作 as outlined here我真的不知道如何调试。我什至不确定我的代码或其他地方是否存在错误。

如有任何帮助，我们将不胜感激!

Answer 1

多亏了一些有用的评论，我才能够让 Valgrind 在 docker 镜像中工作。

简单介绍一下我是如何做到的:

1. 我使用了 docker 镜像:rocker/rstudio
2. 启动图像/容器:docker run rocker/rstudio
3. 随着它的运行:在一个单独的终端中:docker ps
4. 获取正在运行的镜像的容器 ID，然后运行:docker exec -it <containerID> bash
5. 安装 valgrind 和 devtools 所需的其他一些东西
6. 使用 valgrind 调试运行 R:R -d "valgrind --leak-check=full"
7. 运行任何导致错误的代码并评估 valgrind 输出。

谢谢你的帮助!