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c++ - 使用 Rcpp 函数后 R Studio 崩溃

转载 作者:行者123 更新时间:2023-11-30 01:47:35 26 4
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我想做的是在多个大矩阵之间找到匹配的日期。我希望我的 C++ 代码返回的是找到匹配项的行索引

我是 C++ 的新手,我发现它对加速我的 R 代码非常有用。

我的代码似乎可以在 R Studio 中运行,但在我的 R 代码中的另一个循环中通过一些迭代使用 Rcpp 函数后崩溃

这里是一些示例数据

baseflow_mat[[1]] 是这样格式化的矩阵

baseflow_mat[[2]] 是我要查找匹配项的示例

baseflow_mat<-list()

baseflow_mat[[1]]<-data.frame(year=c(1992,1992,1992,1992),month=c(7,7,7,7),day=c(5,10,13,17),flow=c(50,60,59,33))

baseflow_mat[[2]]<-data.frame(year=c(1992,1992,1992,1992,1992,1992,1992,1992),month=c(7,7,7,7,7,7,8,8),day=c(4,10,13,18,26,27,2,6),flow=c(50,60,59,33,45,40,55,52))

我想在 baseflow_mat 的所有 170 个大矩阵中找到匹配的日期

baseflow_mat[[2]] 是我要查找匹配项的示例

所以我希望我的 C++ 代码返回的是来自 baseflow_mat_1 的所有匹配项的 baseflow_mat_2 的行索引。这适用于小矩阵,但一旦我开始使用我的所有数据,它就会崩溃。我的实际数据在每个矩阵中有 500 到 3000 行,我想找到 170 个单独矩阵的匹配项,所以 170*170 大约 28900 个结果

这是我的R代码

library(Rcpp)
sourceCpp("Source1.cpp")

big_match<-list()
for(i in seq(1,2)){#length(baseflow_mat))){
match_baseflow_list<-list()
for(j in seq(1,2)){#length(baseflow_mat))){
matches_wzeros<-matchRows(nrow(baseflow_mat[[j]][,1:3]),nrow(baseflow_mat[[i]][,1:3]),baseflow_mat[[j]][,1:3],baseflow_mat[[i]][,1:3])
matches<-matches_wzeros[matches_wzeros>0]
match_baseflow_list[[j]]<-baseflow_mat[[j]][matches,]
}
big_match[[i]]<-match_baseflow_list
}

这是我的C++代码

// [[Rcpp::export]]

NumericVector matchRows(int rowSize, int matchRowSize, DataFrame nonMatchDF, DataFrame matchDF)
{
//0 is for year, 1 is for month, 2 is for day for both DF
Rcpp::NumericVector nonmatchYear = nonMatchDF[0];
Rcpp::NumericVector nonmatchMonth = nonMatchDF[1];
Rcpp::NumericVector nonmatchDay = nonMatchDF[2];

Rcpp::NumericVector matchYear = matchDF[0];
Rcpp::NumericVector matchMonth = matchDF[1];
Rcpp::NumericVector matchDay = matchDF[2];

Rcpp::NumericVector indexMatrix(matchRowSize*rowSize);


//j is for going through the nonmatch dataframe
int j;

//i is for going through the other DF
int i;

//addIndex is to add correctly to the vector
int addIndex = 0;

for (i = 0; i < matchRowSize; i++)
{
//Rcpp::NumericVector indexMatch(rowSize);


for (j = 0; j < rowSize; j++)
{

if ((matchYear[i] == nonmatchYear[j]) && (matchMonth[i] == nonmatchMonth[j]) && (matchDay[i] == nonmatchDay[j]))
{
indexMatrix[addIndex + j] = j + 1 ;
//indexMatrix(i, j) = j+1;
}
}

addIndex = addIndex + (j+1);
}

return indexMatrix;
}

和sessionInfo()输出

R version 3.1.1 (2014-07-10)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252
[2] LC_CTYPE=English_United States.1252
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C
[5] LC_TIME=English_United States.1252

attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils
[5] datasets methods base

other attached packages:
[1] Rcpp_0.11.6

loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_3.1.1

最佳答案

您在最内层循环中所做的本质上是一个合并。如果您需要它更快,请使用 dplyr::left_join(merge 的快速替代方案)。

big_match<-list()
for(i in seq(1,2)){#length(baseflow_mat))){
match_baseflow_list<-list()
for(j in seq(1,2)){#length(baseflow_mat))){
match_baseflow_list[[j]] <- merge(baseflow_mat[[1]], baseflow_mat[[2]], by=c("year", "month", "day"))
}
big_match[[i]]<-match_baseflow_list
}

关于c++ - 使用 Rcpp 函数后 R Studio 崩溃,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/31438251/

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