c++ - 让 gperftools 与 Rcpp 一起工作

Question

我已阅读相关帖子 here和 here ，并查看了 Dirk Eddelbuettel 的演讲 here然而，我什至无法从 gperftools 获取 .log 文件。这是我的 R 文件，名为 Rcpp_practice.R:

library(Rcpp)

Sys.setenv("PKG_LIBS"="-lprofiler")
sourceCpp('eigen.cpp')

a <- matrix(rnorm(300^2), 300, 300)
getEigenValues(a)

eigen.cpp 的内容如下:

#include <RcppArmadillo.h>
#include <gperftools/profiler.h>
// [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]

// [[Rcpp::export]]
arma::vec getEigenValues(arma::mat M) {
    return arma::eig_sym(M);
}

然后，在终端上(我使用的是 OSX):

CPUPROFILE="eigenprof.log" R -f "Rcpp_practice.R"

我希望在我的工作目录中看到 eigenprof.log，但我没有。此外，我没有收到我在其他帖子中看到的消息，格式为 PROFILE: interrupts/evictions/bytes = 012/34/567891

我确认我安装了最新版本的 gperftools。 ($ brew upgrade google-perftools 给出错误:gperftools 2.5 已安装)。

我错过了什么？

更新

在我修改我的代码以匹配@nrussell 的代码后，我收到此错误消息:

Error in dyn.load("/private/var/folders/6k/ffcchdq52kbb7d631b5vsqcw0000gn/T/RtmpCIdHkG/sourceCpp-x86_64-apple-darwin13.4.0-0.12.7/sourcecpp_6c3253d60384/sourceCpp_2.so") : 
unable to load shared object '/private/var/folders/6k/ffcchdq52kbb7d631b5vsqcw0000gn/T/RtmpCIdHkG/sourceCpp-x86_64-apple-darwin13.4.0-0.12.7/sourcecpp_6c3253d60384/sourceCpp_2.so':
dlopen(/private/var/folders/6k/ffcchdq52kbb7d631b5vsqcw0000gn/T/RtmpCIdHkG/sourceCpp-x86_64-apple-darwin13.4.0-0.12.7/sourcecpp_6c3253d60384/sourceCpp_2.so, 6): Symbol not found: _ProfilerStart
Referenced from: /private/var/folders/6k/ffcchdq52kbb7d631b5vsqcw0000gn/T/RtmpCIdHkG/sourceCpp-x86_64-apple-darwin13.4.0-0.12.7/sourcecpp_6c3253d60384/sourceCpp_2.so
Expected in: flat namespace
in /private/var/folders/6k/ffcchdq52kbb7d631b5vsqcw0000gn/T/RtmpCIdHkG/sourceCpp-x86_64-apple-darwin13.4.0-0.12.7/sourcecpp_6c3253d60384/sourceCpp_2.so
Calls: sourceCpp -> source -> withVisible -> eval -> eval -> dyn.load
Execution halted

如果我以交互方式运行脚本，这将出现在带有 sourceCpp 的行上。

Answer 1

我没有访问 OS X 机器的权限，但以下是在 Debian 8 上运行的，我刚刚在 ProfilerStart/ProfilerStop 调用中添加了您的 C++ 代码(根本没有更改您的 R 代码¹):

// [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]
#include <RcppArmadillo.h>
#include <gperftools/profiler.h>

// [[Rcpp::export]]
arma::vec getEigenValues(arma::mat M) {
    ProfilerStart("./eigen-prof.log");
    return arma::eig_sym(M);
    ProfilerStop();
}

¹请参阅下面的更新。

---

然后从终端，

R -f eigen-prof.R > /dev/null && google-pprof --text $(which R) eigen-prof.log 

# PROFILE: interrupts/evictions/bytes = 2/0/264
# Using local file /usr/local/bin/R.
# Using local file eigen-prof.log.
# /usr/bin/addr2line: /usr/local/bin/R: File format not recognized
# Total: 2 samples
#        1  50.0%  50.0%        1  50.0% dlamch_
#        1  50.0% 100.0%        1  50.0% dsymv_
#        0   0.0% 100.0%        1  50.0% 00000000004007ca
#        0   0.0% 100.0%        1  50.0% 00000000004007fa
#        0   0.0% 100.0%        1  50.0% 00007f84002bf0bd
#        0   0.0% 100.0%        1  50.0% 00007f84002bf2a8
#        0   0.0% 100.0%        1  50.0% 00007f84002c14c8
#        0   0.0% 100.0%        1  50.0% R_ReplConsole
#        0   0.0% 100.0%        1  50.0% Rf_ReplIteration
#        0   0.0% 100.0%        1  50.0% Rf_applyClosure
#        0   0.0% 100.0%        1  50.0% Rf_eval
#        0   0.0% 100.0%        1  50.0% __libc_start_main
#        0   0.0% 100.0%        1  50.0% dlatrd_
#        0   0.0% 100.0%        1  50.0% do_dotcall
#        0   0.0% 100.0%        1  50.0% dsyev_
#        0   0.0% 100.0%        1  50.0% dsytrd_
#        0   0.0% 100.0%        1  50.0% frame_dummy
#        0   0.0% 100.0%        1  50.0% run_Rmainloop 

---

关于您的更新，请尝试将 sourceCpp 调用更改为

sourceCpp(
    'eigen-prof.cpp',
    verbose = TRUE,
    rebuild = TRUE,
    cacheDir = "/tmp/profdir"
)

我使用 cacheDir = "/tmp/profdir" 覆盖 sourceCpp 的默认随机目录 (tempdir())用于构建共享库；和 rebuild = TRUE 以确保每次运行都会生成新的 .so。

回到您的 shell，运行这些命令，根据需要替换适当的文件和目录名称:

• R -f eigen-prof.R
• so_file=$(find/tmp/profdir/-iname '*.so' -printf "%T+\t%p\n"| sort -r | head -n1 | awk '{print $2} ')
• google-pprof --text $so_file eigen-prof.log

这给了我

# Using local file /tmp/profdir/sourceCpp-x86_64-pc-linux-gnu-0.12.7/sourcecpp_5dc5531d6f20/sourceCpp_4.so.
# Using local file eigen-prof.log.
# Total: 2 samples
#        1  50.0%  50.0%        1  50.0% dsterf_
#        1  50.0% 100.0%        1  50.0% dsymv_
#        0   0.0% 100.0%        2 100.0% 0x00000000004007ca
#        0   0.0% 100.0%        2 100.0% 0x00000000004007fa
#        0   0.0% 100.0%        2 100.0% R_ReplConsole
#        0   0.0% 100.0%        2 100.0% Rf_ReplIteration
#        0   0.0% 100.0%        2 100.0% Rf_applyClosure
#        0   0.0% 100.0%        2 100.0% Rf_eval
#        0   0.0% 100.0%        2 100.0% __libc_start_main
#        0   0.0% 100.0%        2 100.0% arma::auxlib::eig_sym
#        0   0.0% 100.0%        1  50.0% dlatrd_
#        0   0.0% 100.0%        2 100.0% do_dotcall
#        0   0.0% 100.0%        2 100.0% dsyev_
#        0   0.0% 100.0%        1  50.0% dsytrd_
#        0   0.0% 100.0%        2 100.0% eig_sym (inline)
#        0   0.0% 100.0%        2 100.0% getEigenValues
#        0   0.0% 100.0%        2 100.0% run_Rmainloop
#        0   0.0% 100.0%        2 100.0% sourceCpp_1_getEigenValues
#        0   0.0% 100.0%        2 100.0% syev (inline)

---

我把第二步放在一起，所以不要以此来评判我；但它只是在您传递给cacheDir(在我的例子中是/tmp/profdir)的目录中搜索最近创建(修改)的.so文件。如果您的机器缺少任何这些程序，您也可以使用 Finder 等手动获取文件名。