c++ - 编译 Rcpp 包

Question

背景

我的公司正在考虑将 R 与 RStudio 一起引入我们的工作环境。作为安全检查的一部分，我们必须将每个不同的 C/C++ 文件编译成一个包，以扫描可能存在的安全漏洞。我知道二进制文件可用，我真的希望我可以使用它们，但我们必须自己编译。大约 5 年前，我没有 R 经验和一点 C++ 经验。我正在尝试编译 只是 Rcpp C++ 代码，但我不知道这是否可行。

我尝试过的

我首先尝试使用 VisualStudio 进行编译，但发现它不符合 c99。然后我尝试了 cygwin，它不支持 w_strings。我现在已经安装了 ubuntu，并且在编译时遇到了很多“ undefined reference ”错误。我知道(或者至少我相信)Rcpp 旨在帮助在 R 中使用 C++。鉴于此，我什至可以将其中一些文件编译为独立的二进制文件吗？

我在编译 api.cpp 时得到的一些空引用(我认为完整的列表不会提供比部分列表更多的信息，因为它很长):

undefined reference to 'R_NilValue'
undefined reference to 'REprintf'
undefined reference to 'R_FlushConsole'
undefined reference to 'Rf_install'
undefined reference to 'Rf_setAttrib'
undefined reference to 'Rf_mkChar'
undefined reference to 'SET_STRING_ELT'
undefined reference to 'Rf_allocVactor'
undefined reference to 'R_ExternalPtrAddr'
etc...

现在我认为这不起作用，因为我没有按照预期的方式使用 Rcpp 并传入任何值。如果我尝试使用另一个使用 Rcpp 的 R 包，是否会编译 Rcpp C++ 文件并保留二进制文件？除了从 CRAN 中取出二进制文件之外，我还能做些什么吗？

解决方案

这实际上是一个相对简单的解决方案，我在其他任何地方都找不到，尽管大多数人都可以简单地下载二进制文件，所以这无关紧要。

1) 从 CRAN 下载(不是 apt-get，它对我不起作用)

2) sudo tar -xvf Rcpp_X.XX.X.tar.gz

3) R 命令安装 Rcpp

这将为您创建二进制 .SO。

Answer 1

快速的:

• 拼写为 Rcpp，即大写 R 后接小写 cpp。喜欢文件扩展名。

• 您大胆地假设 Rcpp 可以由 Visual Studio [1] 编译。它不能 [2]。我们已经记录了这一点年，即自 2008 年底我重新启动 Rcpp 以来的最低记录。

• 参见例如Rcpp FAQ 中的条目 1.3 和 2.9每次下载 Rcpp 时都会附带。

• Cygwin 也是如此。 R 不在 Cygwin 下构建。因此，不要尝试在 Cygwin 下构建 Rcpp。

• 最后但同样重要的是:不确定您对 Rcpp 文档的仔细阅读程度，以及您认为它的用途。将 R 脚本转换为 Windows 二进制文件并不是什么神奇的小马。不存在这样的小马。 Rcpp 是 R 的扩展包，它使 R 和 C++ 的互换更容易。不多也不少。到目前为止，这里有几百个 Rcpp 问题，所以环顾四周，感受一下。

所有这些几乎肯定也是一个可以关闭的重复问题，但我现在没有时间看。

[1] 注意这里是单数，不是复数“Visual Studios”，或者你可能指的是太平洋西北地区一家公司的编译器和 IDE 以外的东西。

[2] 除非您是真正的 C++-on-Windows 专家并且愿意或多或少地构建您自己的构建系统 [3]

[3] 所有这一切本质上是由于 R 无法使用 VS 工具链构建。 $deity 知道人们已经尝试过了。这里的责任在于操作系统/编译器供应商不遵循标准，这些标准使 R Core 团队能够在 Windows(通过 gcc)、OS X 和基本上所有 Unix 版本(包括所有 Linux 变体)上提供一致的产品。