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我得到了一个 Python (2.7) 函数,它接受 3 个字符串作为参数,并返回一个字典列表。由于项目的性质,我无法更改函数,它非常复杂,调用其他几个非标准 Python 模块并使用 psychopg2 查询 PostgreSQL 数据库。我认为是 Postgres 的功能导致了我的问题。
我想使用 multiprocessing 模块来加速调用函数数百次。我已经编写了一个“帮助程序”函数,以便我可以在我的函数中使用 multiprocessing.Pool(它只需要一个参数):
from function_script import function
def function_helper(args):
return function(*args)
我的主要代码是这样的:
from helper_script import function_helper
from multiprocessing import Pool
argument_a = ['a0', 'a1', ..., 'a99']
argument_b = ['b0', 'b1', ..., 'b99']
argument_c = ['c0', 'c1', ..., 'c99']
input = zip(argument_a, argument_b, argument_c)
p = Pool(4)
results = p.map(function_helper, input)
print results
我期待的是字典列表的列表,但是我收到以下错误:
Traceback (most recent call last):
File "/local/python/2.7/lib/python2.7/site-packages/variantValidator/variantValidator.py", line 898, in validator
vr.validate(input_parses)
File "/local/python/2.7/lib/python2.7/site-packages/hgvs/validator.py", line 33, in validate
return self._ivr.validate(var, strict) and self._evr.validate(var, strict)
File "/local/python/2.7/lib/python2.7/site-packages/hgvs/validator.py", line 69, in validate
(res, msg) = self._ref_is_valid(var)
File "/local/python/2.7/lib/python2.7/site-packages/hgvs/validator.py", line 89, in _ref_is_valid
var_x = self.vm.c_to_n(var) if var.type == "c" else var
File "/local/python/2.7/lib/python2.7/site-packages/hgvs/variantmapper.py", line 223, in c_to_n
tm = self._fetch_TranscriptMapper(tx_ac=var_c.ac, alt_ac=var_c.ac, alt_aln_method="transcript")
File "/local/python/2.7/lib/python2.7/site-packages/hgvs/decorators/lru_cache.py", line 176, in wrapper
result = user_function(*args, **kwds)
File "/local/python/2.7/lib/python2.7/site-packages/hgvs/variantmapper.py", line 372, in _fetch_TranscriptMapper
self.hdp, tx_ac=tx_ac, alt_ac=alt_ac, alt_aln_method=alt_aln_method)
File "/local/python/2.7/lib/python2.7/site-packages/hgvs/transcriptmapper.py", line 69, in __init__
self.tx_identity_info = hdp.get_tx_identity_info(self.tx_ac)
File "/local/python/2.7/lib/python2.7/site-packages/hgvs/decorators/lru_cache.py", line 176, in wrapper
result = user_function(*args, **kwds)
File "/local/python/2.7/lib/python2.7/site-packages/hgvs/dataproviders/uta.py", line 353, in get_tx_identity_info
rows = self._fetchall(self._queries['tx_identity_info'], [tx_ac])
File "/local/python/2.7/lib/python2.7/site-packages/hgvs/dataproviders/uta.py", line 216, in _fetchall
with self._get_cursor() as cur:
File "/local/python/2.7/lib/python2.7/contextlib.py", line 17, in __enter__
return self.gen.next()
File "/local/python/2.7/lib/python2.7/site-packages/hgvs/dataproviders/uta.py", line 529, in _get_cursor
cur.execute("set search_path = " + self.url.schema + ";")
File "/local/python/2.7/lib/python2.7/site-packages/psycopg2/extras.py", line 144, in execute
return super(DictCursor, self).execute(query, vars)
DatabaseError: SSL error: decryption failed or bad record mac
和:
Traceback (most recent call last):
File "/local/python/2.7/lib/python2.7/site-packages/variantValidator/variantValidator.py", line 898, in validator
vr.validate(input_parses)
File "/local/python/2.7/lib/python2.7/site-packages/hgvs/validator.py", line 33, in validate
return self._ivr.validate(var, strict) and self._evr.validate(var, strict)
File "/local/python/2.7/lib/python2.7/site-packages/hgvs/validator.py", line 69, in validate
(res, msg) = self._ref_is_valid(var)
File "/local/python/2.7/lib/python2.7/site-packages/hgvs/validator.py", line 89, in _ref_is_valid
var_x = self.vm.c_to_n(var) if var.type == "c" else var
File "/local/python/2.7/lib/python2.7/site-packages/hgvs/variantmapper.py", line 223, in c_to_n
tm = self._fetch_TranscriptMapper(tx_ac=var_c.ac, alt_ac=var_c.ac, alt_aln_method="transcript")
File "/local/python/2.7/lib/python2.7/site-packages/hgvs/decorators/lru_cache.py", line 176, in wrapper
result = user_function(*args, **kwds)
File "/local/python/2.7/lib/python2.7/site-packages/hgvs/variantmapper.py", line 372, in _fetch_TranscriptMapper
self.hdp, tx_ac=tx_ac, alt_ac=alt_ac, alt_aln_method=alt_aln_method)
File "/local/python/2.7/lib/python2.7/site-packages/hgvs/transcriptmapper.py", line 69, in __init__
self.tx_identity_info = hdp.get_tx_identity_info(self.tx_ac)
File "/local/python/2.7/lib/python2.7/site-packages/hgvs/decorators/lru_cache.py", line 176, in wrapper
result = user_function(*args, **kwds)
File "/local/python/2.7/lib/python2.7/site-packages/hgvs/dataproviders/uta.py", line 353, in get_tx_identity_info
rows = self._fetchall(self._queries['tx_identity_info'], [tx_ac])
File "/local/python/2.7/lib/python2.7/site-packages/hgvs/dataproviders/uta.py", line 216, in _fetchall
with self._get_cursor() as cur:
File "/local/python/2.7/lib/python2.7/contextlib.py", line 17, in __enter__
return self.gen.next()
File "/local/python/2.7/lib/python2.7/site-packages/hgvs/dataproviders/uta.py", line 526, in _get_cursor
conn.autocommit = True
InterfaceError: connection already closed
有人知道什么可能导致 Pool 函数出现这样的行为,而在我尝试过的其他示例中使用它似乎很简单吗?如果这还不够继续下去,谁能告诉我如何找到问题的根源(这是我第一次使用别人的代码)?或者,还有其他方法可以使用多处理模块调用该函数数百次吗?
谢谢
最佳答案
我认为可能发生的情况是您的连接对象被所有工作人员使用,当一名工作人员完成其所有任务时它关闭连接,同时其他工作人员仍在工作并且连接关闭所以当其中一个工作人员工作人员尝试使用已经关闭的数据库。
关于postgresql - 在查询 PostgreSQL 数据库的黑盒函数上使用 multiprocessing.Pool 时为 "InterfaceError: connection already closed",我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/44724377/
C语言sscanf()函数:从字符串中读取指定格式的数据 头文件: ?
最近,我有一个关于工作预评估的问题,即使查询了每个功能的工作原理,我也不知道如何解决。这是一个伪代码。 下面是一个名为foo()的函数,该函数将被传递一个值并返回一个值。如果将以下值传递给foo函数,
CStr 函数 返回表达式,该表达式已被转换为 String 子类型的 Variant。 CStr(expression) expression 参数是任意有效的表达式。 说明 通常,可以
CSng 函数 返回表达式,该表达式已被转换为 Single 子类型的 Variant。 CSng(expression) expression 参数是任意有效的表达式。 说明 通常,可
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CLng 函数 返回表达式,此表达式已被转换为 Long 子类型的 Variant。 CLng(expression) expression 参数是任意有效的表达式。 说明 通常,您可以使
CInt 函数 返回表达式,此表达式已被转换为 Integer 子类型的 Variant。 CInt(expression) expression 参数是任意有效的表达式。 说明 通常,可
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CDate 函数 返回表达式,此表达式已被转换为 Date 子类型的 Variant。 CDate(date) date 参数是任意有效的日期表达式。 说明 IsDate 函数用于判断 d
CCur 函数 返回表达式,此表达式已被转换为 Currency 子类型的 Variant。 CCur(expression) expression 参数是任意有效的表达式。 说明 通常,
CByte 函数 返回表达式,此表达式已被转换为 Byte 子类型的 Variant。 CByte(expression) expression 参数是任意有效的表达式。 说明 通常,可以
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Asc 函数 返回与字符串的第一个字母对应的 ANSI 字符代码。 Asc(string) string 参数是任意有效的字符串表达式。如果 string 参数未包含字符,则将发生运行时错误。
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Abs 函数 返回数字的绝对值。 Abs(number) number 参数可以是任意有效的数值表达式。如果 number 包含 Null,则返回 Null;如果是未初始化变量,则返回 0。
FormatPercent 函数 返回表达式,此表达式已被格式化为尾随有 % 符号的百分比(乘以 100 )。 FormatPercent(expression[,NumDigitsAfterD
FormatNumber 函数 返回表达式,此表达式已被格式化为数值。 FormatNumber( expression [,NumDigitsAfterDecimal [,Inc
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