postgresql - 如何从 Snomed Postgres Sql 数据库中查找关系

Question

问题陈述:

从 Snomed CT 数据库中提取所有的 parent 、祖 parent 、 child 和孙

描述:

我正在尝试在我的本地机器上设置 snomed 数据库，以提取特定概念(使用 concept_id)的关系(所有 parent 和 child )。

我已经从 https://download.nlm.nih.gov/umls/kss/IHTSDO20190131/SnomedCT_InternationalRF2_PRODUCTION_20190131T120000Z.zip 下载了 snomed 数据

然后我使用在这里找到的脚本将数据导入Postgres SQL DB https://github.com/IHTSDO/snomed-database-loader/tree/master/PostgreSQL

但我没有找到这些表之间的任何关系，因此我可以获取特定概念 ID 的 parent 、祖 parent 、子女和孙子女(我尝试使用肺癌 93880001 )

下图包含表结构:

非常感谢任何帮助或建议。

Answer 1

根据NHS CT Browser ，可能无法从任何地方访问，93880001 有三个 parent :

• 肺部恶性肿瘤(疾病)
• 胸腔内器官原发性恶性肿瘤(疾病)
• 呼吸道原发性恶性肿瘤(疾病)

和 31 个 child :

• 肺实质癌(疾病)
• 肺上皮样血管内皮瘤(疾病)
• 肺非霍奇金淋巴瘤(疾病)
• 非小细胞肺癌(疾病)
• 等等...

查找更高和更低层级的方法是使用relationship_f.sourceid 和relationship_f.destinationid。但是，原始表格对用户不友好，因此我建议提出一些看法。我从 this 中的 Oracle .sql 文件中获取了代码GitHub repo 。

首先，我们创建一个包含概念 ID 和首选名称的 View :

create view conceptpreferredname as
SELECT distinct c.id conceptId, d.term preferredName, d.id descriptionId
FROM postgres.snomedct.concept_f c
inner JOIN postgres.snomedct.description_f d
  ON c.id = d.conceptId
  AND d.active = '1'
  AND d.typeId = '900000000000013009'
inner JOIN postgres.snomedct.langrefset_f l
  ON d.id = l.referencedComponentId
  AND l.active = '1'
  AND l.refSetId = '900000000000508004'  -- GB English
  AND l.acceptabilityId = '900000000000548007';

然后我们做一个关系 View :

CREATE VIEW relationshipwithnames AS
SELECT id, effectiveTime, active,
    moduleId, cpn1.preferredName moduleIdName,
    sourceId, cpn2.preferredName sourceIdName,
    destinationId, cpn3.preferredName destinationIdName,
    relationshipGroup,
    typeId, cpn4.preferredName typeIdName,
    characteristicTypeId, cpn5.preferredName characteristicTypeIdName,
    modifierId, cpn6.preferredName modifierIdName
from postgres.snomedct.relationship_f relationship,
    conceptpreferredname cpn1,
    conceptpreferredname cpn2,
    conceptpreferredname cpn3,
    conceptpreferredname cpn4,
    conceptpreferredname cpn5,
    conceptpreferredname cpn6
WHERE moduleId = cpn1.conceptId
AND sourceId = cpn2.conceptId
AND destinationId = cpn3.conceptId
AND typeId = cpn4.conceptId
AND characteristicTypeId = cpn5.conceptId
AND modifierId = cpn6.conceptId;

因此打印出三个父概念的名称和 ID 的查询将是:

select *
from relationshipwithnames r
where r.sourceId = '93880001'
and r.active = '1'
and r.typeIdName = 'Is a';

请注意，这实际上返回了三个额外的概念，在线 SNOMED 浏览器认为它们已过时。我不确定为什么。

要打印出子概念的名称和 ID，请将 destinationId 替换为 sourceId:

select *
from relationshipwithnames r
where r.destinationId = '93880001'
and r.active = '1'
and r.typeIdName = 'Is a';

请注意，这实际上返回了 16 个额外的概念，在线 SNOMED 浏览器认为这些概念已过时。同样，我找不到可靠的方法来从结果中仅排除这 16 个。

从这里开始，获取祖 parent 和孙子女的查询就很简单了。