mysql - MySQL 和 DBI 中的 Perl 错误

Question

我是生物信息学的学生，我正在使用此命令使用 OrthoMCL 工具

./orthomclLoadBlast my_orthomcl/orthomcl.config my_orthomcl/similarSequence.txt

但我收到错误

Can't connect to data source ' :mysqllocalinfile=1' because I can't work out what driver to use (it doesn't seem to contain a 'dbi:driver:' prefix and the DBI_DRIVER env var is not set) at /home/linux/Desktop/orthomclSoftware-v2.0.9/bin/../lib/perl/OrthoMCLEngine/Main/Base.pm line 56

DBI 已安装在我的系统中，那么为什么会出现此错误？我该如何解决？

Answer 1

您需要安装数据库驱动程序，DBI 模块才能与您的数据库配合使用。在这种情况下，您似乎需要安装 DBD::mysql .

OrthoMCL 可能会省略驱动程序名称并仅使用 dbi::，在这种情况下，您必须将环境变量 DBI_DRIVER 设置为 mysql.

正确的答案必须在 OrthoMCL 的文档中。你读过吗？

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更新

查看source for orthomclLoadBlast看起来你的配置文件有问题。这里有人可能熟悉该实用程序，但您必须发布 orthomcl.config 才有机会获得任何有用的建议。