bash - 当 qsub 在服务器上提交的作业完成时在我的本地计算机上运行脚本

Question

我正在通过 qsub 将作业提交到服务器，然后想在作业完成后在本地机器上分析结果。虽然我可以找到一种方法在服务器上提交分析作业，但不知道如何在我的本地计算机上运行该脚本。

jobID=$(qsub job.sh)

qsub -W depend=afterok:$jobID analyze.sh

但是我想要的不是上面的东西

if(qsub -W depend=afterok:$jobID) finished successfully
sh analyze.sh
else
some script

我怎样才能完成上述任务？

非常感谢。

Answer 1

我遇到过类似的问题，我将尝试勾勒出适合我的解决方案:

提交您的实际工作后，

jobID=$(qsub job.sh)

我会在你的脚本中创建一个循环来检查作业是否仍在运行

qstat $jobID | grep $jobID | awk '{print $5}'

虽然我不能 100% 确定状态是否在 5h 列中，但您最好仔细检查一下。当作业空闲时，状态将为 I 或 Q，在运行 R 时，然后是 C。

完成后，我通常会 grep 输出文件以查找运行成功与否的迹象，然后运行适当的后处理脚本。