r - 从 Bash 访问 R 的环境变量

Question

我正在尝试访问 R 的 environmental variables来自庆典。安装指南最初让我相信 $R_HOME 是在 bash 中声明的。然而，这似乎并不准确。

有没有办法从 bash 访问这些环境变量？

前面的问题已经问过如何使用 Sys.getenv() 或 Sys.setenv() 从 R 中访问这些变量。这个问题的重点是能够通过 bash 访问信息。简单地调用 echo $R_HOME 不会在 bash 变量中产生适当的路径。

例如，我可以使用复杂的方法获取信息:

R_HOME=$(Rscript -e "Sys.getenv('R_HOME')" | grep -Po '".*?"' | sed 's/"//g')

所以我会收到:[1] "/usr/lib64/R"

然后 Grep 给出:“/usr/lib64/R”

最后是 sed:/usr/lib64/R

我真的很想找到一种方法，让我无需经过这个过程就可以访问所有环境变量。

一些环境变量的定义在 R_HOME/etc/Renviron 中列出。 .但是，它们在 bash 中都不可用。

Answer 1

这可能比前面两个答案所建议的更容易:

因为 RHOME 如此重要，所以执行 R RHOME:

edd@don:~$ R RHOME
/usr/lib/R
edd@don:~$ val=$(R RHOME)
edd@don:~$ echo ${val}
/usr/lib/R
edd@don:~$ 

基本上所有其他的都可以通过 R CMD config ...

edd@don:~$ R CMD config --help | head -20
Usage: R CMD config [options] [VAR]

Get the value of a basic R configure variable VAR which must be among
those listed in the 'Variables' section below, or the header and
library flags necessary for linking against R.

Options:
  -h, --help            print short help message and exit
  -v, --version         print version info and exit
      --cppflags        print pre-processor flags required to compile
            a C/C++ file using R as a library
      --ldflags         print linker flags needed for linking a front-end
                        against the R library
      --no-user-files  ignore customization files under ~/.R
      --no-site-files  ignore site customization files under R_HOME/etc

Variables:
  BLAS_LIBS     flags needed for linking against external BLAS libraries
  CC            C compiler command
  CFLAGS        C compiler flags
edd@don:~$ 

最后，对于正在运行的 R session ，您可以启动一个并访问它:

edd@don:~$ Rscript -e 'cat(Sys.getenv("PATH"))'     # manual break
/home/edd/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:\
/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/gamesedd@don:~$